元代至元二十二年由湖道肃政廉访使捐赠重建,普照任住持,一时禅风甚盛。
嘉靖万历年间东南扰乱,佛法逐衰,报国寺亦渐颓废。万历末僧慧如苦行重兴,茂林继之,以慈悲心接物利人,以智慧力敷教弘化,专持阿弥陀佛名号,受法三千余人,受戒万余人,饭僧数十万人,是为报国寺最盛时期。
清咸丰后,佛教复衰,至光绪末,僧楚泉见寺日趋衰败,发心重兴,特赴京请颁藏经。楚泉离寺后江苏巡抚程德全听信幕僚谎话,言报国寺有寺无僧,遂将全寺没收改建植园。楚泉请经回苏,寺已易主,只得借地安藏以待机缘。民国二年程德全罢官闲居,始研佛学而生信心,深悔当初毁寺之举,乃於民国十年出资购穿心街原中军衙署,重建报国寺,但规模较小,仅四亩有余,延请楚泉住持。楚泉辞世,其徒明道继任。
民国十九年(1930年)二月,迎请高僧印光来寺掩关。
印光法师居报国寺后,弘法利生声名远播,皈依者不下百万,故昔日穿心街上人接不暇,颇具盛况。
1937年
抗日战争爆发,印光法师破关而出,至沪说法,恳切开示护国息灾,后因妙真老和尚之请,移居
灵岩山寺。明道殁后报国寺改作灵岩山寺下院。
1992年秋市佛协议请收回,创办佛教文化事业,得政府支持,归还房产。市佛协筹资三百余万元进行重修。修葺后的报国寺占地1300平方米,有山门、大殿、藏经楼、东西
厢房、印公关房等主要建筑,具有典型的
江南寺庙风格,印公关房按原貌复修,藏经楼宽敞明亮。