扬州大学医学院是扬州大学的二级学院。

1950年6月，苏北卫生行政干部学校成立，苏北行政公署主任惠浴宇兼任校长。

1958年6月，升格为扬州医学专科学校。

1976年12月，扩建为江苏新医学院扬州分院。

1979年1月，原江苏新医学院撤销，扬州分院成为高等医学专科学校，原苏北人民医院划归附属医院。

1982年9月，在苏州医学院和南京中医学院的支持帮助下，分别招生临床医学和中医学本科生，学制五年。

1984年7月，升格定名为扬州医学院。设置临床医学、中医学两专业，学制五年。

1992年5月，扬州医学院等6所高校合并组建扬州大学，改为扬州大学医学院。

2016年7月，护理学系从医学院划出，单独成立扬州大学护理学院。

2021年6月，预防医学专业从医学院划出，成立扬州大学公共卫生学院。

截至2023年8月，扬州大学医学院设有4个学系、6个本科专业。

截至2024年1月，医学院有教职员工199人，其中专任教师141人，教授27人，副教授45人，具有博士学位125人，占专任教师的88.7%。45岁及以下专任教师86人，其中具有博士学位者86人，占100%。具有外校学缘背景专任教师121人，占85.8%。拥有教育部新世纪优秀人才、江苏特聘教授、省“双创计划”、“333工程”、“青蓝工程”、“六大人才高峰”、“科教兴卫工程”等一批国家级/省级高层次人才。拥有教育部临床医学类专业教学指导委员会委员、省医药类研究生教育指导委员会委员等国家级/省级学术机构兼职20余人。

教育部新世纪优秀人才（1人）：张评浒

江苏特聘教授（1人）：郁多男

截至2023年8月，学院拥有一级学科博士学位授权点1个，博士专业学位类别1个，一级学科硕士学位授权点5个、硕士专业学位类别4个，其中省级一级学科重点学科1个、校级一级学科重点学科3个。

临床医学、生物学与生物化学、药理学与毒理学学科分别进入ESI全球排名前1%行列，标志着科学研究和关键领域具有一定的国际学术水平和影响力。

一级学科博士学位授权点（1个）：临床医学

博士专业学位类别（1个）：临床医学

一级学科硕士学位授权点（5个）：基础医学、临床医学、中西医结合、药学、中药学

硕士专业学位类别（4个）：临床医学、中医学、中药学、药学

省级一级学科重点学科（1个）：中西医结合

校级一级学科重点学科（3个）：基础医学、临床医学、中药学

截至2020年9月，学院有1个国家级一流本科专业、国家级精品课程1门、省级精品课程8门、省级在线开放课程2门、省级基础医学实验教学示范中心1个、省级临床医学学科综合训练中心1个、省级虚拟仿真教学项目1个。

国家级一流本科专业（1个）：临床医学

国家级一流本科课程（1门）：局部解剖学

省级英文授课精品课程（3门）：人体生理学、外科学总论、中医学

省级成人教育精品课程（2门）：外科学、免疫与微生物学

校级英文授课品牌课程（12门）：人体生理学、医学免疫学、医学生物化学、外科学总论、组织学与胚胎学、局部解剖学、病理学、病原生物学 、妇产科学、流行病学、系统解剖学、中医学

校级精品课程（3门）：人体机能学、病原生物学、医学免疫学

校级精品课程建设点（1门）：皮肤病性病学

校级成人教育精品课程（10门）：妇产科学、皮肤病性病学、人体解剖学、药理学、生物化学、预防医学、中医基础综合、病理学、内科学、外科护理学

注：内容不全

截至2020年9月，学院拥有国家中医药管理局重点研究室1个、省级重点实验室2个、校级科研机构8个。

据2021年1月学院官网显示，学院立项科研课题295项，其中国家自然科学基金项目145项，以第一单位共获中国商业联合会科学技术奖3项，其中一等奖1项，三等奖2项。

《实用临床医药杂志》为半月刊，设有医工结合研究、指南与共识、慢性病管理、胸部疾病、骨研究、肿瘤研究、心脑血管疾病、消化系统疾病、肿瘤、妇产科研究、中西医结合药学、脑科疾病护理、整合胃肠病、急重症医学、呼吸系统疾病等研究专题，以及专家述评、学术前沿、智库研究报告等栏目。

学院与美国、日本、韩国、马来西亚、新加坡等国家的医学教育、医疗卫生和科研机构建立了双边合作、学术交流关系，举办苏丹卡萨拉大学医学生国际交流项目、中国-苏丹医学教学研讨及现代临床技能培训等多个国际短期项目。

据2021年1月学院官网显示，学院组织开展了科技文化节、临床技能大赛、心理情景剧大赛、新生入学教育系列讲座、研究生先锋论坛等活动。