安徽扬子鳄国家级自然保护区位于安徽省宣城市的宣州区、郎溪县、广德县、泾县和芜湖市的南陵县境内，地理坐标为东经118°21′18′′—119°27′55′′，北纬30°37′54′′—31°04′12′′之间，总面积为18565公顷。始建于1979年，1982年升级为省级自然保护区，1986年升级为国家级自然保护区，主要保护对象是扬子鳄及其生活环境。

1979年1月，经安徽省政府批准在原宣城县南郊创建“安徽省扬子鳄养殖场”。

1982年6月，安徽省政府批准成立安徽省扬子鳄自然保护区。

1986年7月，保护区升级为国家级自然保护区，更名为“安徽扬子鳄国家级自然保护区”。

1988年，安徽扬子鳄国家级自然保护区与安徽省扬子鳄繁殖研究中心合署办公，系“一个机构，两块牌子”。

安徽扬子鳄国家级自然保护区位于安徽省宣城市的宣州区、郎溪县、广德县、泾县和芜湖市的南陵县境内，地理坐标为：东经118°30′-119°35′ ，北纬30°18′-31°18′，总面积为18565公顷。

保护区湿地地处长江下游丘陵平原水网区，为皖南山区向长江沿岸平原的过渡地带，海拔20～200米，包括河流湿地、湖泊湿地、沼泽湿地等湿地类型，主要由青弋江、水阳江、漳河、南漪湖等水体及周边沼泽滩地组成。

保护区属北亚热带湿润和暖温带半温润季风气候，年均气温15.9℃，年均降水量约1294毫米，年均相对湿度28%，年均无霜期229天。

保护区内南漪湖为宣城市内的天然湖泊，分为东西二湖，湖面面积约为190平方公里，入湖水流发源于南面山区，出水经水阳江向北流入长江。

保护区土壤类型以红土壤、水稻土、黄棕壤等为主。

保护区的工作重点转向野生保护，努力恢复和改善扬子鳄栖息地，提高扬子鳄自然繁殖力和幼鳄存活率，不断扩大野生种群数量。

保护区内有国家级重点保护植物7种，国家级重点保护动物30种，真菌116种。

有野生植物776种，其中蕨类植物28种、裸子植物12种、被子植物736种。

国家一级重点保护植物有2种，包括水杉、银杏；

国家二级重点保护植物有5种，包括香樟等。作为扬子鳄洞穴隐蔽及营巢用的植物有44种。

有野生脊椎动物340种，其中鱼类有54种，两栖类有24种，爬行类有50种，鸟类有176种，兽类有36种。此外，还有昆虫类470种。

国家一级重点保护动物有4种，包括扬子鳄、云豹、黑麂和梅花鹿；国家二级重点保护动物有26种，包括虎纹蛙、鸳鸯、白鹇、勺鸡、穿山甲、小灵猫等。

保护区为野生扬子鳄主要分布区之一，有扬子鳄分布的池塘面积约0.41平方千米，分布有扬子鳄约150条。

保护区内植被以亚热带常绿阔叶林为主，其中丘陵地区植被以灌草丛为主。人工营造经济林主要有马尾松、国外松、杉木、茶树及毛竹、油桐等树种。

以上数据截止2013年

安徽扬子鳄国家级自然保护区总面积18565公顷，其中核心区面积5188公顷，缓冲区面积2506公顷，实验区面积10871公顷。保护区的范围在东经118°21′18′′—119°27′55′′，北纬30°37′54′′—31°04′12′′之间。保护区由朱村片区、高井庙片区、杨林片区、红星片区、夏渡片区、双坑片区、中桥片区和长乐片区8片区域组成。

朱村片区东界自田村起，经观音墩北、河东林场、郭家湾、县光荣院至卢村水库大坝；南以卢村水库南界为界；西界自茶场起，经小灵山、上姚、中姚、下姚、崩口岭、崩口村、十五里店、上保、荷花岗至莫村；北界自赵家村起，经林家湾、方家边至田村。朱村核心区东自沈村起，经田村西、山观、观音墩西、东家冲东、夭村北至飞虎山；南自飞虎山西起至中姚村；西自中姚起，经崩口村、下保至许家竹林；北自许家竹林起，经林家湾至沈村。

高井庙片区东界自桐子山边起，经方里桥、官塘冲、大官塘、杨家大堰、岗村、东庄、盆形大队林场、竹山咀、张家墩、塘沟、张村至骆村；南界自骆村起，经骆村林场至挖金坑；西自挖金坑起，经小潘家冲、张家冲、新安大队林场、杜花村、胡家冲、范家冲、袁家湾至两王塘；北界自两王塘起，经二里村、一里村水库至桐子山。高井庙东南核心区东自松树咀起，经沈王村大路至鸭蛋冲；南以王家洼为界；西自东庄水库起至油桐地；北自二道丫子起经上望山至松树咀。高井庙西北核心区东自桐子山起至官塘冲；南自七号洞起至四号洞；西自范家冲大塘起至梅塘冲；北自范家冲起至桐子山。

杨林片区东界自上袁村起，经六家冲、梅村、六村至殷村；南界自殷村起，经前进队山脚、古塘、石山下、毛家冲、王家冲至老树坡；西界自老树坡起，经宣港公路、桑园至高湾；北界自高湾起，经紫竹园、桃沅冲、枣树园、金家祠至上袁村。杨林核心区东自周家冲山脚起，沿山凹经杨林林场、黄渡乡梅村与方村山场交界处，到杨林林场与黄渡乡杨林村殷村山场交界处；南界自杨林林场与黄渡乡杨林村殷村山场交界处起，经杨林林场前进作业队与杨林村古塘山场交界处、杨林村王村与杨林林场山场交界处，至杨林村石山下河边；西界自杨林村石山下河边起，经谬叶沟南山山岗至杨林林场枣树园工区南山山岗；北界自杨林林场枣树园工区南山山岗起，沿山岗分水岭至杨林—安蓬村级公路，沿杨林林场与黄渡乡安蓬村金家祠交界山岗分水岭，经杨林林场八村山岗分水岭，至杨林林场周家冲山脚。

红星片区东界自榨屋起，向北经许村、坝方村、宋家垱、王村、更楼、梅村至洪村；北界自洪村起，沿山岗分水岭向西经凤凰冲、方家榨、沈村、下村湾、河东庵、燕子窝、潘家湾、西山铺、矮子店至小张村；西界自小张村起，向南经丁家桥、姚占墩、梅村、七里岗至东沟；南界自东沟起，向东经大房村、金鸡山、跃进水库至榨屋。红星核心区东自周王镇云峰村杨四冲起，经查村、茅棚至茶叶冲；南自周王茅栗岗三叉路起，经周王红洋牛场、横山至杨四冲；西自杨柳华村起，经刘村、邓家湾、麻家冲、杨华公路至周王茅栗岗三叉路口；北自杨柳刘村起，经周王红洋村毛塘、潘家冲、槽坊、横山至横山边土公路。

夏渡片区东起李庄，沿山脊分水岭向南，至夏渡林场八亩田作业区，向西至场部作业区，向北至汪冲，再向东至李庄。

双坑片区东界自老油榨起，经罗家村东北界、殷家冲西界至毛山头村东界；南界从毛山头村东南界起，向西经金山村东界、潘村南界、汪冲村南界至山茅村南界；西界从山茅村南界起，向北经低田程村东界、靠山左家村西界至郑家汤村北界；北界从郑家汤村北界起，向东至胡村东界向南，经西河村南界向东至洲里岗村北界，再向南经沈家汤村东界、董村北界、向北经五里岗村北界、刘家村西北界、官塘口村北界、向东经纪村北界、马家村北界、至老油榨村北界。双坑核心区东界从刘家村东北界起，向南至上窑村东界；南界从上窑村东界，向西经方家村南界至官塘口村西南界；西界从官塘口村西南界起，向北经赵家村西界、吴家村西界至夏家村西界；北界从夏家村西界起，经双坑村西北界向东至刘家村北界。

中桥片区东界从昌桥乡袁店村老虎山起，沿海拔108米山脊向南经谭村、石龙头水库、丁家村、周冲村至老屋棵；南界为向西沿海拔63米山脊至小岭海拔65米山脊；西界从小岭起，沿海拔65米山脊向北经兴塘冲、上宅、石壁山、汪家冲、岩山至螺丝地；北界从螺丝地起，向西北经碾家冲、袁店乡村公路、小坂、程家坂、西风庙、八角亭至老虎山。中桥核心区东界自老虎山南麓起，沿山脊向南经快活岭至石龙头水库；南界为向西经兴塘冲顺山脊至汪家冲；西界从汪家冲起，向北经碾家冲、金鸡塔、小湾至程家坂；北界从程家坂起，向东过西风庙至老虎山南麓。

长乐片区东界从陶村起，向南沿距青弋江经金村、联村、东河、六甲、前头村、沙河丁至三甲村；南界从三甲村起，向西经范家埂、八甲村、四甲村、姚村、蒲桥、南弋公路至石浦；西界从石浦起，向北经上徐村、潘村、曹村、张家湾至官坝；北界从官坝起，向东经码桥头、蒋家村、西埂、南埂头至陶村。长乐东北核心区东界从青弋江以南柏山渠灌点起，沿青弋江、柏山渠向南，经六甲、前头村、七房穆、大村丁至沙河丁；南界从沙河丁起，过灌渠向西，经八字门、桥头埂至朱家村；西界从朱家村起，向北经小村潘、合义、六甲潘、西彭、小拐至汪家墩；北界从汪家墩起，向东经马家墩、刘家祠堂、东古桥、沙墩至东河。长乐西南核心区东界从塘埂起，经乔村、夏村、宋村至大彭村；南界从大彭村起，向西经小彭村至干甲纪；西界从二甲纪起，向北经官塘埂、落弓桥至小村；北界从小村起，向东经扬王、半坝、纪官塘至塘埂。

安徽扬子鳄国家级自然保护区管理局（安徽省扬子鳄繁殖研究中心），为安徽省林业厅直属单位，参照公务员管理正县级单位。

为拯救扬子鳄这一濒危物种，1979年1月经省政府批准在原宣城县（现宣州区）南郊创建“安徽省扬子鳄养殖场”，1982年6月，省政府批准成立安徽省扬子鳄自然保护区，

1986年省级扬子鳄保护区晋升为国家级保护区，直属省林业厅，处级建制。

1988年安徽扬子鳄国家级自然保护区与安徽省扬子鳄繁殖研究中心合署办公，系“一个机构，两块牌子”，性质为全额拨款事业单位，下辖宣州区、郎溪县、广德县、泾县、南陵县等五个保护站。

2007年6月经安徽省机构编制委员会办公室批准为“安徽扬子鳄国家级自然保护区管理局”。

自2003年以来，该保护区已连续10年实施扬子鳄野外放归活动，累计投放66条人工繁育的扬子鳄。扬子鳄是中国特有的珍稀物种，但由于野外栖息地遭受人为破坏、大量使用化肥农药造成的环境污染以及人为捕杀等原因，野生种群走向衰落，仅存150多条，远远少于野生大熊猫数量，因此国家林业局决定启动扬子鳄野外放归自然工程，将人工繁育的扬子鳄放到野外，复壮野生扬子鳄种群。作为全球最大的扬子鳄种群繁育基地，安徽宣城扬子鳄国家级自然保护区内的人工繁育扬子鳄已达10000余只。

2021年2月5日，被中国林学会命名为第五批全国林草科普基地，有效期为2021年～2024年。