即用于基因打靶的载体。设计打靶载体的目的是使之能与受体细胞的特定位点发生重组并突变。这样一种载体的最少成分是含有染色体靶位点的同源顺序和一个质粒的主要成分。此外,一般还需要正负选择标记等成分。常见的哺乳动物基因打靶载体有两种:即置换载体(Ω型)和插入载体(O型)。