扇区对齐是基于存储逻辑块与物理磁盘扇区匹配的思想。

大多数较新的物理硬盘都使用4KB大小的扇区，同样地，像NTFS这样的文件系统使用的存储块大小也为4KB。而问题是，并不是所有的操作系统都能将存储块对齐到下层的扇区。除非存储块恰好对齐到一个扇区，否则会跨两个扇区。这就给重复数据删除过程带来了问题。

市场上重复数据删除产品着实不少，它们采用各种技术以实现存储的重复数据删除。一个最通用的重复数据删除方法就是删除冗余的存储块。

有一点需要注意到的是，扇区不对齐并不影响单个存储块的内容。也就是说，无论文件系统是否对齐到物理存储，存储块仍包含相同的数据。同样地，无论一个卷的扇区是否对齐，块级重复数据删除均以相同的方式运行，至少从删除冗余存储块的角度看是这样。

重删一个扇区不对齐的卷，最主要的问题在于重复数据删除过程可能会带来更为密集的I/O。一个卷如果扇区不对齐，那每一个存储块会跨越两个物理扇区，那么每次读取（或写）一个块时，底层硬件就会读两个扇区，而扇区对齐时则不会。这在很大程度上关乎性能，但如果磁盘中有很多碎片或存储块跨越的两个扇区不相邻就难说了。重复数据删除原本就是一个I/O密集型的处理，但扇区不对齐会使I/O负担更重。