总兵府是明清时代的称呼，总兵府为军事指挥机关。
南澳总兵府位于
深澳镇，建于明万历四年（1576年）。自明万历三年（1575年）诏设南澳副总兵至1911年清王朝终结的336年之中，计有总兵、副总兵被委南澳镇者将近200任。其中最负盛名的仍数民族英雄
郑成功。
南澳地理位置重要，为漳潮锁钥、东南门户。朝廷为抵御倭夷侵扰，打击海寇劫掠，1575年，明朝特设立“闽粤南澳镇”。“镇”是明清军队建制单位，南澳总兵是正二品大员，负责闽粤交界海面军务。康熙收复台湾后，南澳总兵还分批轮流参与守卫台湾、澎湖、淡水，三年一班，前后历二百余年。明清两朝共有177任，计167名总兵、副总兵驻守在这里。
明万历四年（1576年）由副总兵晏继芳建，座南朝北，为明、清副总兵和总兵驻地。从明万历四年至清宣统三年（1911年）先后有173位副总兵、总兵莅任，统辖粤东、闽南兼台澎海防事务。原总兵府旧址建成了全国第一座海防史陈列馆，并已动工对总兵府进行修复。
明朝以来，坐落在粤、台、闽三省交界海面的
南澳岛，位于汕头市至香港、台湾高雄主航道之间，是东南沿海一带通商的必经泊点和中转站，享有“海上互市”的美称。南澳县是广东省唯一的海岛县，而
南澳总兵府，不仅是全中国唯一的海岛总兵府，而且对与台湾合作发展意义深远。
在总兵府前，有两棵榕树，左边一棵为“
郑成功招兵树”。1662年民族英雄郑成功在该树下张榜招兵收复台湾，古榕历400多年仍苍劲挺拔，枝繁叶茂，树高20米，主干环围13.5米，树冠直径30多米，基部盘根错节，崎岖凹凸，扁平处如战舰乘风破浪，起突处又象稳立于地面的指挥亭，令观者拍手叫绝。
2012年7月，我县以总兵府为载体，筹划建设反腐倡廉教育基地，集中展示历任南澳总兵中杰出代表在海防建设、戍边安民、兴学济世、扶贫赈灾等方面恪守清廉、谦勤笃实的典型事例，于2013年底建成，面向广大党员干部和群众开展廉洁人格教育和从政道德教育。为充分发挥历史优秀廉政文化的借鉴作用，该基地被省纪委定为“广东省反腐倡廉教育基地”。