孤儿瑞佐(
郑智薰饰)从小被一个名叫奥祖奴的神秘集团所收养，并被训练成为一位武功极高的刺客。因为自己的好朋友被奥祖奴集团残忍杀害，原本就已经厌倦杀人生涯的瑞佐，就此下决心脱离集团，随后隐藏起来，等待时机为朋友报仇。欧洲探员米卡(
娜奥米·哈里斯饰)在调查一系列政治谋杀案件时，发现案情似乎与一群来自远东的刺客有关。随后她违抗上司的命令，偷偷查找了秘密档案文件，了解了凶案背后的真相。为此奥祖奴集团派出一队杀手，打算杀人灭口。就在紧急关头，瑞佐救下了米卡，但他两人心中都非常清楚，集团不将他两人最后铲除是不会善罢甘休的。于是两人决定共同对付奥祖奴集团，将其彻底摧毁，就在欧洲的街道上，一场猫抓老鼠的游戏正在上演。
《忍者刺客》构思来源于沃卓斯基兄弟。他们一直对于东方的各种神秘题材情有独钟，拍完《
黑客帝国》之后，沃卓斯基兄弟和詹姆斯·麦克提格讨论如何拍摄一部在西方人看来会很容易理解、同时又包含着东方元素的电影，最后讨论的结果就是忍者刺客。
在马修·山德完成了本片的剧本之后，监制沃卓斯基兄弟又重新请了另一位编剧J·迈克尔·斯特拉辛斯基重新写剧本，因为他们对马修·山德非常不满意。而J·迈克尔·斯特拉辛斯基仅用53个小时就完成了剧本。
《忍者刺客》是一剂肾上腺素飙升的催化剂，电影将东方忍者、功夫与西方特工、现代枪械和电影特技拼凑起来。全片动作设计流畅，节奏爽快，不似一般好莱坞打斗场面般呆板（网易网评）。