微生物鉴定仪，是指对微生物培养后的生化条自动判读，然后通过仪器内部软件结合已有数据库自动查阅，给出一个菌株种属最接近结果的仪器。组成包括生化反应板、仪器、鉴定数据库和判读软件，核心在于软件部分，通过数以万次的实验数据积累和统计学分析整理，配以现代人工智能和电子工程学技术才可以实现鉴定仪的功能。

一般用于病原菌或纯培养菌株的鉴定，在生化反应板上培养24h或48h后，根据对已知底物的代谢活性，结合数据库判读出最接近的微生物物种。只能辅助完成部分工作，结合其他分子生物学手段，如特定的分子标记，可进行物种鉴定。