微生物分离法是获得微生物纯培养物的一种分离方法。通过这个方法可实现一种微生物的培养，或获得一个细胞的后代。其具体方法有：①稀释倒平皿法。将待分离的材料作一系列稀释，取不同稀释度适量涂布于固体培养基平板上或与已熔化的固体培养基一起倾注入平板内，经过培养即有一个微生物细胞繁殖来的单个菌落。②划线法。先将已熔化的固体培养基制成平板，待凝后，取分离材料在上面划线，可作平行划线、扇形划线或其他形状的连续划线，使菌样逐渐减少，最后得到单个孤立的菌落。

其具体方法有：1.单细胞挑取法。借助一台显微挑取器，从待分离材料中挑取一个细胞接种于培养基所得的培养物。2.利用选择培养基分离法。配制适合于目的微生物生长而同时限制或抑制其他微生物生长的培养基，从而得到目的菌纯培养物的方法。