微山县交通运输局前身微山县交通局，2010年3月县政府机构改革后成立。

微山县交通运输局下辖21个事业单位。截止到2011年底,全县农村公路通车里程1488公里；全县现有营运车辆3986辆,其中货车3584辆、客车84辆、公交57辆、出租车267辆,货运量5323万吨、客运量251.6万人次、周转量108054万吨公里；全县571个行政村(除湖中村外),油路(水泥路)通达率90%以上,客车(客船)通达率90%以上。