御药房位于故宫东侧的南三所以东，太医院后院。

明代的御药房是为皇帝健康服务的一个最直接部门。明初叫尚药局，后改为御药局，嘉靖十五年（公元1536年），在紫禁城的文华殿后面又建了圣济殿，作为御药房办公所在。圣济殿在李自成攻入紫禁城后被烧毁，清代在圣济殿旧址上建造了藏书的文渊阁。圣济殿御药房由提监和太监管理，设有尚药奉御、直长、御医、药童、吏目等人员，人数随时增减。

公元1587年，御药房下又设置了御药库，建在圣济殿的后面。当时还刻了一枚“御药库关防”的印章，由提督太监掌管，日常御药房的药品调入、领取等事项，都要有这个御药库关防作为凭证；同时御药库所有药品清单、药品进出记录等定期要清查造册，之后送礼部存档。一旦有什么意外发生，这些记录就是追究责任的依据。

明代宦官专权也体现在医疗制度上，御药房的最高负责人不是院使、院判、御医这些专业的医生，而是由太监来管理，这也是一件令人奇怪的事情。

御药房隶属内务府，其具体职责是为内廷采办、储存、配置药品，药房人员并与御医分班侍值。侍值又分宫值和外值，宫值地点在皇帝寝宫旁的御药房，外值则在东华门内的太医值房。外值者为宫廷中的宫女、太监、嫫嫫等人诊病。 御药房的御医是从太医院内医术精湛、品行端正的医士以上人员中选拔的，共10名。

御医在进宫之前需在太医院供职6年，有一定的理论基础与实践，并经过3或5年一试、二试、三试合格者，才有资格入选，否则宁缺不补。有时清宫御医也从各省督抚举荐的名医中挑选。 御药房所需药材取自太医院生药库，尽管太医院也是为皇室成员服务的医疗机构，但御药房领药仍需按定例付给银两，或令与皇室有关的药商采买。

所购药材一般为生药，入宫后由御药房医生带领下属太监炮制备用。 御药房的御医尽管直接为皇帝、皇后诊病保健，但地位并不高，在清代二百多年历史中，最优秀的御医级别也不过七品，至于那些承担宫值的被称为“御药房特简供奉”的医药顾问，待遇则更低，仅仅是“日给御膳，月给素蜡，冬给木炭”。

明代御药房管理的都是宫廷用药，因此每个环节都有严格规矩，不允许出半点差池。每天由太医院的院使、院判、御医分两班值班，每天要做三件事。

一件是药材的管理，对于各地进贡来的药材、药品，要根据质量优劣进行分拣，礼部也会派官员来监察药材选拣的过程。分拣后进行详细登记入册。

第二件就是随时听从宫内差遣，给帝后们诊治。明代给皇上皇后治病已经形成一套流程，大病小病都照此执行。诊脉时，先由值班的太医院院使或院判诊脉，接着再由值班御医诊脉，之后发表各自的诊脉意见，大家一起拟定一个处方，处方上将药帖连名封记，药方下要写明本方的药性、治疗病证的效果等等。

第三件事情就是根据药方监督御药煎制，在御药制作时，要有太医院院官和内臣一同监视，做好后每剂药都分成两付，其中一付先要由御医、院判、内臣三人尝过之后，没有问题，才将另一付进献给生病的皇上，这一系列的诊治、制药过程，都要在专门的医簿上做详细的记录，这些记录由所有参与诊治及制药、尝药过程的医官、御医、内臣签名后，加盖“中书省印合缝”，以备查考。如果皇上服用后，治疗效果不佳，这些医簿上记录的相关人等就会招致麻烦，甚至惹上杀身之祸。

所以，每天基本上所要做的三件事并不是很复杂，但是每一件事情都是跟皇上的性命相关，好则万事大吉，加功行赏，坏则严惩不贷。因此，到宫中当值做御医是荣辱未卜的事情，尽管当时进入宫中的御医都是经过礼部在太医院的严格考试，优等者才能有资格到御药房轮值，但是大家也都明白，进入宫中当值，所担当的责任之重大也是非比寻常的，所以也有一些人为了保全性命，宁可放弃进宫做御医的机会。