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四库全书荟要》从编纂上宗旨就与《四库全书》不同，《四库全书》面向世人，而《荟要》仅供皇帝御览，从未流向过民间，因此，《荟要》有着《全书》无法与之相匹的特色。第一：选编慎重，卷帙精约。编纂《四库全书》的主要目的，在于尽可能的收齐各类书籍，保存文献，网罗繁复，其结果必然是卷帙浩繁，“检玩为难”；而《荟要》是为了供皇帝一人御览，旨在于精，而不在于多。《荟要》只收存享有盛名而又确实能影响世人的作品，其思想学术、义理辞章俱属上乘，中国传统思想文化的菁华尽备于斯。所以，《四库全书荟要》所收书籍的种类只有《四库全书》的七分之一，而册数是《四库全书》的三分之一，可谓“全书中的全书，精品中的精品”。乾隆有诗云：道资鉴古，搜玉圃以罗珍。 理取研精，披金沙而聚粹。文河藻润，兼收众派之流。 册府菁华，别挹群言之液。六年详辑，将渐蒇夫全编。 两部先成，已统苞其要义。撷词条而擢秀，摛藻如春。 咀义府以含英，味腴在道。第二：内容真实，少经删篡。自康熙时兴起的文字狱，到乾隆时期达到了无以复加的地步，据统计，仅乾隆一朝，文字狱便有130余起。对于清代统治者来说，他们最忌讳的便是图书文献中有不利于清王朝统治和诋毁满族的文字。在这种心理的作用下，乾隆在诏令修《四库全书》的时候，也同时敕令对图书的内容严加审查，收入《四库全书》的图书中有关华夷之别的思想言论，均被四库馆臣肆意删改，有相当一些图书文献失去了它的本来面目。而《荟要》供仅皇帝御览，因此，其所收图书在内容上也就务求完整，没有大量删改的必要。在原本保存、内容真实方面，《荟要》胜于《全书》。第三：书品精美，质量上乘。由于清廷十分重视这部丛书，修书务求精美而不计资费，因此，《荟要》的书品达到了极为精善的境界。亲睹此书的学者评价：《荟要》“字体端严劲挺，纸白墨润，装潢考究”。第四：校勘翔实，版本珍贵。《荟要》的修书馆臣和誊录、校对的人员都具有相当的学识，他们缮写精细，校勘、核对精审，从而使得《荟要》较少有错谬之处。《荟要》依据底本主要有以下几种，一是内府刊刻本，这些刻本主要来自于清内府图书刊刻机构“武英殿”；二是内府所藏历代善本和抄本；三是乾隆三十八年以后在民间征求到的书籍，在内府藏本和民间奉献的遗书中自然不乏宋元时期的旧本。所以考证更为详尽，更完整地保存了旧本图书的原貌。如《荟要》中的《周易正义》考证比全书就要多出20条，宋郑汝谐的《东谷易翼传》、唐杜牧的《樊川集》等，都可以看出与《四库全书》所依据的底本不同。据统计，《荟要》的图书底本达五百余种，其中宋本62种，金元刊本63种，明刊本288种，清刻本50种，此外还有《永乐大典》本18种，仿宋钞本7种，稿本1种。时至今日，《荟要》据为底本的许多宋元刻本已经不复存在，这就更显得《荟要》版本的珍贵。