在徐远举亲自主持下，前后逮捕的地下党员多达130多人，其中绝大多数被杀害，徐远举也由此得到了一枚四等
云麾勋章，并被任命为保密局西南特区区长，川、康、滇、黔四省所有保密局掌握的公开和秘密单位以及各地警察局、
稽查处、公路和运输部门的警务处、组，
兵工厂的警稽组等40多个机构也由该区统一指挥。后来重庆
绥靖公署升格为
西南军政长官公署，徐远举成为长官公署二处处长。当时西南军政长官是张群，张早就认识徐远举，对他特别赏识，所以徐远举更是红得发紫，故当时国民党军政界都称徐远举是“半壁江山，西南红人”。
1949年9月至11月，
徐远举在重庆主持策划一系列大屠杀、大破坏计划。12月在
昆明被云南卢汉起义部队捕获，后作为战犯被押回重庆
白公馆关押，1956年转北京
功德林战犯管理所。经过改造，徐远举认识到自己罪行的严重，他向公安部门表示，对自己的问题“决不保留，决不扩大缩小，老老实实交代”。后来监狱组织关押人员撰写国民党的历史资料，徐远举最卖力，也毫无顾虑，知道什么便写什么，从不回避写自己的问题。在庆祝建国10周年时，
杜聿明、宋希濂等33名战犯被特赦，徐远举也盼望着有朝一日能被释放，但一直没有轮到他。
“文革”爆发后，停止了对在押战犯的特赦，已特赦的有的也被重新关进监狱，徐远举感到绝望了。“四人帮”为整倒一批老干部，到处逼人写黑材料，但徐远举宁肯挨骂甚至挨打，也不乱咬人。据
沈醉回忆说：“‘四人帮’为了把
秦城监狱的那一幢楼腾出来，囚禁忠于党和人民的革命老干部，把黄维和许多军长一级的战犯，都送到
抚顺原日本战俘管理所，让军统和
中统等10多名搞特务工作的留下来，逼他们提供材料，诬蔑好人；徐对此气愤异常，认为这不是共产党的传统和光明磊落的作风。”
1973年冬，徐远举在
劳动期间因工作不合格而受到批评，脾气暴躁的徐远举情绪激动大吵大闹，当晚又用冷水冲澡，本来他就患有
高血压，结果刚走出卫生间就晕倒，后经医院抢救，终因
脑血管破裂不治而亡。