彭元瑞与其父廷训、弟元珫、子翼蒙，一家三代四人皆为
翰林。成就较大者为元瑞。乾隆二十二年（1757）
进士，选为
翰林院庶吉士，继授编修。
乾隆帝手谕嘉奖他为“异想逸材”，历任礼、工、户、兵、吏五部尚书，及《续三通》馆、《四库全书》馆、《清会典》馆总裁。嘉庆四年（1799）充《高宗实录》总裁。在朝有“智囊”之称，朝廷礼仪、制度等重大著作多由他裁定。
彭元瑞博学多识，精于古代器物、书画的鉴定，先后编成《秘殿珠林》、《石渠宝及》、《西清古鉴》、《宁寿鉴古》、《天禄琳琅术目》等图籍、目录。他的诗文有《恩余堂辑稿》、《经进稿》、《宋四六话》、《
知圣道斋读书跋》等。
乾隆帝六十、七十、八十寿诞时，他分别献上诗词《万福集成赞》、《古稀颂》和《万寿衢歌》三百首，受到皇帝嘉奖。
乾隆帝有“对联天子”之称，彭元瑞亦精于对联。一次，乾隆宴见词臣时曾出半联：“冰冷酒，一点水，两点水，三点水”，彭元瑞即席对曰：“丁香花，百字头，千字头，万字头”，顷刻间四座倾服。
彭元瑞以文学被知遇，目录学功底极厚。根据内廷藏书及书画、鼎彝，辑《秘殿珠琳》、《石渠宝籍》、《西清古鉴》、《宁寿鉴古》、《天禄琳琅》诸书，他出力较多。乾隆中主编《
天禄琳琅书目》及续编，互见别出，各有源流。前编书目10卷，400部；后编20卷，663部，各收书12 258册。曾任四库全书馆副总裁，与纪昀称为“南北两才子”。收藏图书颇丰，自称“借抄范氏‘天一阁’、吴氏‘小山堂’、马氏‘丛书楼’、鲍氏‘知不足斋’，虽未能略备，然颇费心力，它日当结庐数楹其中，与乡人士共读之。”所藏之书皆手校手跋，收藏有宋元本众多，藏于“知圣道斋”中。所抄书有140余种，数千卷，版心有“知圣道斋抄校书籍”字样。有《知圣道斋书目》4卷，著录图书千余种，刻入《玉简斋丛书》中。作《知圣道斋读书跋尾》2卷，辑录其读书跋文113篇。辑刻有《钧台遗书》5种。藏书印有“南昌彭氏”、“知圣道斋藏书”、“遇者善读”、“岁乡村夫”、“知圣道斋抄校书籍”、“彭之椿”等。晚年家贫，藏书归于朱学勤“结一庐”。著有《经进稿》、《恩余堂稿》等。