咸丰二年，粤匪窜湖南道州，勾结会匪犯东安，三元偕署守备周禄两次迎剿，歼贼多名。三年，叙省城防堵功，用守备。侍郎曾国藩檄宝庆知府魁联募宝勇千名，分属三元五百人。旋平江西泰和土匪於茶陵、安仁。四年，随副将塔齐布剿贼湘潭，复其城。六月，进攻岳州，是时湘潭溃贼由靖港窜岳州，增垒设卡，为久抗计。巡抚骆秉章暨国藩会督战船，塔齐布亦统陆路官军，约期并进。先以疑兵诱贼，贼拥至，触伏尽殪，击沉贼船百馀只，遂复岳州。七月，贼水陆大至，官军迎击，悉焚其船，其由陆路来犯者，三元沿岸截击，歼贼目一、馀匪百馀，生擒四十馀名。嗣贼由高桥扑凤凰山大营，塔齐布督率将弁进剿，三元出奇抄截，分路迎击，毙贼六百馀名。八月，匪於崇阳交界设卡抗拒，九月，三元偕候选知府罗泽南分路进攻，抵其垒，痛歼之。
寻随塔齐布由嘉鱼转战而前，所向披靡，直抵武汉。塔齐布分军三路：一攻武昌，一攻汉阳，一由水路进剿。时风势顺利，官军纵火，焚贼船数十只，乘势奋击，毙贼无数。汉阳贼大惧，弃城遁，武昌贼亦遁，遂复之。三元并截於洪山要隘，斩馘甚多。十月，偕泽南进屯马岭坳，直逼半壁山。贼悉众至，官军径捣贼垒，贼狂窜，三元等分途截杀，斩伪丞相
林绍璋及伪将军指挥等。越数日，贼复由田家镇渡江来犯，塔齐布击却之，列队江干。贼侦官军尽赴下游，径从上游登岸，将掩袭泽南老营，三元驰至，率众奋击，追至牛礶矶，毁其船，毙贼百馀，馀众溃遁。
时三元累功擢至游击，捷入，进参将。旋随塔齐布进攻黄梅，时湖北踞匪招安庆援贼并入广济，塔齐布击走之。贼败窜黄梅，官军追剿至大河埔。十一月，军至黄梅，塔齐布偕泽南攻北门，三元列阵桥西以遏贼冲，塔齐布、泽南自城北沟港中取道入，三元等亦由城西越二桥，从栅门跃入。贼惊窜，官军四面兜围，其由营垒突出者，歼灭殆尽。克黄梅，移剿九垅驿，擒伪丞相余福胜。大军复渡南岸，攻九江城，三元战绩最多。
五年二月，武昌复陷。八月，塔齐布病殁，三元副泽南回援武昌。九月，复通城，进师崇阳，贼夜遁，遂克之。国藩疏保堪胜总兵人员，三元得记名以总兵用。会湖南防兵战蒲圻羊楼峒失利，泽南饬诸营移驻羊楼峒，遏贼上犯，独率三元及湘副中营官李杏春驻崇阳，於是乘胜攻蒲圻，毙贼数百。贼首
石达开率贼大至，三元等分路抵御，鏖战多时，毙贼百馀。翌日，贼悉众来攻，绕营三匝，众寡不敌，遂殁於阵。赠副将衔，附祀塔齐布专祠，谥勤勇。
三元忠勇识大体，尝战濠头堡，忽讹言子瑾光阵亡，左右以告，三元急止之曰：“速击贼！无以吾子阻士气。”督战益急。阵殁之日，将出队，马忽踶齧，三上三坠，众以为不祥。杏春亦同时殁於阵。