1637年(崇祯十年)，清兵逼近
山西，他从当地招募民军3万，分19营，朝夕训练。清军见临漳防守严密，没有轻易进击。因领土的保全，他受到崇祯皇帝在中左门的召见，并晋升为山西道御史。
1639年(崇祯十二年)，运河干涸，京城主要运输线中断，粮食奇缺，满朝文武惊慌失措，百姓怨声载道，他被派疏通漕运。时清兵已逼近京师，他不顾个人安危，来往巡视在千里河道上，对整个工程和民工生活都做了周密计划和安排，使运河很快疏通。
到任后。了解到三秦财力、物力已极端虚弱，采用了重刑治陕方略，先拿胡作非为的大吏开刀，又把贪污腐败的西安、咸阳两县令撤掉，对于他的行动，有人出面威胁，但他毫不畏惧。当军队的个别将领也想要挟他时，他迅速逮捕了制台，制止了军队混乱。鉴于当地群众生活极为困难，他果断地开仓济民，使陕西得到短暂的平稳。
崇祯见他治陕有方，遂越级提拔他为佥都御史。1642年，李自成攻占了开封，矛头直指京城。明朝大将左良玉兵溃，傅宗龙、汪乔年等督师兵败身亡。总兵贺人龙被击溃后，带领数百人流窜入陕，勾结地方劣绅，强劫财物，杀害平民。时任巡抚的他见贺人龙猖獗，设计哄骗贺人龙到军中，席间趁机将其处死。1642年(崇祯十五年)秋，他见明亡已成定局，加之六旬高龄，无力报效朝廷，遂以年迈有病为由辞职休养，获准后返回家乡。
他刚刚回到家乡潍县，清军就由河北进攻到了山东。1642年12月15日，兵临潍县城下。他和胡振奇、周亮工等人，号召潍城军民誓死守城，并自报奋勇扼守北城，冒箭雨在城墙上来往指挥，击退了清兵一次又一次的进攻。中午，北城被攻破了一道口子，他率部击退清军。抢修城墙时，他儿子不幸掉到城下，有人要开城门搭救，他厉声喝住：“为了保卫城池，落城下者不止一人，只因我儿就该开门救援吗?”他的行动，极大鼓舞了守城军民的斗志，终于击退清兵，保卫了潍城。