中世纪以来，
天主教会在欧洲获得至高无上的社会地位，但在基层也出现了各种异端运动。为此，官方教会曾建立异端裁判所，并组织十字军讨伐异端运动。中世纪大体产生过如下异端教派及与之相关的社会政治运动
鲍格米勒派，意指“爱上帝者”，10世纪兴起于保加利亚，曾受保罗派二元论影响，认为上帝生有撒旦和基督，撒旦堕落而为恶的代表，基督则为善的代表；基督降生时对撒旦的宣战，他将拯救人世，消灭一切邪恶。
阿尔比派，11至12世纪流行于法国南部和意大利北部，以法国阿尔比城为其基地，故名。它相信善、恶二元，认为善神造出灵魂，恶神造出肉体，基督只是最高受造者，而并非上帝本身。此派以真正的教会自居，反对官方教会的教阶制度和圣事，于13世纪初遭到十字军的镇压。鲍格米勒派和阿尔比派因都强调持守“清洁”、反对腐化而又称“卡特里派”，即“清洁派”。
韦尔多派，也称“里昂穷人派”，12世纪由法国里昂富商韦尔多捐献财产济贫传教而创立。它反对官方教会礼仪和正统教义，认为贫穷乃是灵魂得救的必要条件。此派曾在法国、瑞士、西班牙、波希米亚和伦巴第等地广为流传。
鞭笞派，13世纪中叶产生于意大利北部，由多明我会会士拉纳里发起，引起信徒常手举十字架结队游行，口唱圣诗，并以皮鞭自笞直至流血，故名。该派反对教会权利和教会内部的腐败，指责教士的奢侈享乐生活，于1349年被阿维尼翁教皇克雷芒六世宣布为异端。