异形孢子（heterospore ）为
同形孢子（homospore）的对应词。指在同一植物中所产生的在大小和性状有差别的雌雄两性孢子，此类孢子即为异形孢子。在具有两个周期的生活史的植物中，配子所出现的雌雄性区别，已超越配子体本身，而达到孢子的位置上。这种现象称为孢子异形性（heterosp- ory）。种子植物一般都产生异形孢子。
蕨类植物一般产生同形孢子，但也有产生异形孢子的，这时从大孢子发育成仅着生造卵器的雌原叶体，从小孢子发育成仅着生造精囊的雄原叶体（例如Selaginella remotifolia，Isoetes japonica、水生蕨类等）。异形孢子发育的
原叶体显著退化，有的仅由数个细胞组成。认为这种原叶体进一步退化，在系统上，经裸子植物发展为被子植物的
胚囊细胞和花粉。