庶务司是清代的官署名。清朝的外务部与农工商部都有庶务司。

外务部庶务司设郎中、员外郎、主事等官。掌界务、江海防务，并按条约负责传教、游历、保护、恤赏、禁令、警巡、词讼等事。农工商部的庶务司原为商部的司务所和会计司，农工商部成立后，合为一司，省司务，置郎中、员外郎、主事等官。掌章奏文移、计会本部收支，记录员司迁补。