工程恢复方法是生态恢复的基础方法，广泛应用于各类生态恢复工程中。它的主要目的是对废弃地的地形、地貌和土壤本底进行恢复，建立利于植物生长的表层和生根层。在实践中，主要的方法有表土处理方法如堆里、平整等；矿坑恢复方法如矿坑充填、积水坑疏排、建造人工湖泊等；还包括一些如
强夯、疏松、
淋溶以及表土更换等土壤改良措施。一些物理恢复方法也可以包括在工程恢复方法中，如客土法和土壤的电修复、热修复等。工程恢复方法往往是生态恢复的开端，为生态恢复提供一个较好的土壤基质层，以利于植被的恢复。
化学恢复方法在生态恢复中的利用相对较少，一般只应用于小范围的生态恢复，它的主要目的有二：一是和工程恢复方法结合，改良土壤的本底，以适合植物生长；二是在生态恢复的过程中增加植物的成活率和生长的速度。化学方法包括酸化（添加炼铁残渣或
有机质）、
碱化（添加
碱石灰）、去除盐分（添加石膏）、去除毒物（
EDTA配合）、营养物添加（合适的化肥、有机质）等。
生物恢复方法是利用比较广泛的一种方法，在工程恢复进行之后，都要普遍地采用生物恢复方法对生态系统进行恢复，其目的是恢复土壤肥力和生物生产能力。建立稳定的植被层以构建生态系统。根据生态恢复的阶段，初期的生物恢复方法包括微生物土壤改良、特种植物栽种、植物引种等；生态恢复后期的生物恢复方法包括
个体、
种群、
群落各个层次的生物恢复、控制技术。