在
孔庙未修之前，在学宫里就有祭祀先师先圣的礼仪，《周礼·春官》记载：“始入学，必
释菜礼先师者。”《礼记·文王世子》记载：“凡学，春官释奠于其
先圣先师，秋冬亦如之。”孔子殁后的第二年（前478年），他当年的居室即被弟子们奉为“庙”，并将孔子生前的“衣、冠、琴、车、书”奉于其中，岁岁奉祀。孔子子孙“世以家学相承，自为师友”，在孔庙里学习礼乐文化。学在庙中，庙中有学，“庙学合一”初显端倪。
汉武帝采纳
董仲舒的建议实行“罢黜百家，独尊儒术”的文化政策，把
儒家学说奉为正统。在京都长安城南兴建太学，置
五经博士，以儒家经学作为学校教育的基本内容，孔子的地位自此日增。唐高祖武德二年（619年）诏令地方政府开办的官学各立
周公庙、孔子庙一所，四时致祭。唐太宗贞观二年（628年），停祭
周公，专立孔庙，以孔子为先圣，
颜回为先师。贞观四年（630年），又“诏州县学皆作孔子庙”。从此各州县多于学宫旁建立孔庙，“庙学合一”遂成定制，历代相袭。至明清时，全国孔庙多达1560多处。
“庙学合一”，以
儒家学说安邦立国，为历代王朝所倡导，成为古代社会的一项重大教育制度。