广西蓝航足球俱乐部由广西蓝天航空职业学院于2020年出资组建，2021年与广西足球协会共建广西全运会男子U20和男子U18两支足球队。俱乐部与来宾市蓝航足球学校是一体管理的两个实体。2022年获得中国足球协会会员协会冠军联赛总决赛季军，从而晋级中国足球协会乙级联赛。

2020年5月29日，广西蓝航足球俱乐部注册成立。

2020年9月，俱乐部开始筹建来宾市蓝航足球学校，2021年1月28日来宾市教育体育局批复了足校的成立。

2021年2月，根据广西足球协会分别给来宾市教育体育局和广西蓝天航空职业学院发来的《关于支持广西男子足球队参加第十四届全国运动会的函》，广西壮族自治区体育局、广西足球协会与广西蓝天航空职业学院合作共建广西全运会男子U20和男子U18两支足球队。

2021年3月18日，广西壮族自治区体育局、广西足球协会与广西蓝天航空职业学院、广西蓝航足球俱乐部合作共建第十四届全运会男足队伍签约和授牌仪式在广西蓝天航空职业学院举行，广西全运男足u18和U20队伍正式组建，广西蓝航足球俱乐部负责队伍的组队、训练和参赛工作。同时广西足球协会授予广西蓝天航空职业学院“广西足球协会青训中心”和“广西足球协会训练基地”称号。

2021年4月22日，来宾市蓝航足球高级中学（蓝航足校）注册成立。

2022年，俱乐部打进中国足球协会会员协会冠军联赛总决赛并获得季军，从而获得中国足球协会乙级联赛参赛资格。

2024年5月，广西蓝航足球俱乐部落户百色，并将主场定在百色市体育中心。