明正统八年(1443年)平海卫指挥王茂以卫城离郡县学宫路远，奏请在莆田县平海镇建立卫学。选本卫军户子弟入学。

成化九年(1473年)邑人宋叔昭奏请让平海卫邻近民户子弟入学，卫学生员剧增。正德十四年(1519年)建泮池、米廪及会膳堂。嘉靖四十一年(1562年)倭陷卫城，焚毁卫学，仅存圣庙。万历二年(1574年)分守宋豫卿、知府吕一静、知县孙谋拨官金二百，重建卫学。万历三十一年(1603年)风雨成灾，殿庑堂舍俱毁，知府李茂功、教授刘玄修重修。万历三十七年(1609年)教授冯渠与训导肖近蓝捐资倡建启圣祠，提学熊尚文批拨囊山寺租田为卫学田。

清顺治十八年(1661年)莆田截界，平海卫城废。卫学迁附府城文昌宫(今城厢古谯楼西侧)。康熙三年(1664年)知府李英在府城重建卫学，附于城西兴安书院。中为先师庙，左为启圣祠，右为斋沐所，东西两庑为斋舍。截玉涧水入小水关之内为泮池，池东为明伦堂，池西为报功祠。俗称小府学。光绪时(1875～1908年)卫学废。