布鲁克林造船厂前身为一商用造船厂，其历史可上溯到1781年美国独立战争时期。美国独立后，造船厂曾为海军造巡防舰。1801年，美国政府收购了布鲁克林造船厂，并加以扩建。

1781年，布鲁克林作为商用造船厂，建立在纽约，当时的美国正处于独立战争时期，当美国独立战争结束后，造船厂曾为海军造巡防舰。1801年美国政府收购布鲁克林造船厂，并在原来的规模上加以扩建，据说就是在美国收购布鲁克林造船厂后，造船厂也就更名为“美国纽约海军造船厂”。

19世纪30年代，蒸汽战舰时代来临，布鲁克林造船厂开始为美国海军制造大型蒸汽战舰，并从此走上了大舰巨炮的道路。美国海军早期的战列舰，大部分都是布鲁克林造船厂制造的，如当时的海军主力“缅因”号、“康涅狄格”号等均由布鲁克林造船厂制造。

1905，英国的无畏级战列舰开始建造，各国海军开始以无畏级战列舰作为蓝本，“无畏舰”的时代正式到来，美国海军开始建造无畏舰，而布鲁克林造船厂也开始建造无畏舰

与此同时，各国舰载火炮口径发展到14英寸，进入“超无畏舰”时代，也就是从这里开始，布鲁克林造船厂的全盛时期从这时开始，布鲁克林造船厂为美国海军建造了多艘超无畏舰，建造数量约为美国战列舰总数的三分之一左右。受当时海军条约和美国的海外基地影响，布鲁克林造船厂以及其他造船厂造出的战列舰都以“低航速、重装甲、大续航力”的设计概念，也是美国战列舰的传统，布鲁克林造船厂在此造出过像“纽约”号战列舰、“俄克拉荷马”号战列舰的优秀战列舰

1935年底，第二次伦敦海军会议召开，会后，美国的海军战列舰从以往的思路开始变为“高航速、强防空”的特点，以便配合航母作战。此时的布鲁克林造船厂变得显得多，干战舰的活也干得少了，而绝大部分的造战舰的工作都给了纽波特纽斯造船厂等造船厂做。

1941年，“珍珠港事件”震惊全美，美国也就开启了“战争机器”，举国上下全面投入战争中，这时的布鲁克林造船厂也不甘落后，开始建造“衣阿华”级战列舰，“埃塞克斯”级航母，在建造“埃塞克斯”级航母时，更是创造了12个月造出一艘大型航母的神话。

在二战结束后，各国海军都意识到未来海战将由航空母舰主导，战列舰的时代已经逝去，所以都停止了战列舰的建造，其中就包括布鲁克林造船厂正在建造的“依阿华”级战列舰的最后两艘——“伊利诺伊号”号和“肯塔基”号。当时大部分造船厂都开始转型走全面发展路线，以建造各种类型的战舰，但布鲁克林却一直坚守巨型战舰的建造，并开始着手“福莱斯特”级和“小鹰”级两级超级航母的建造计划。

之后，布鲁克林继续为美军打造巨型战舰，先后完工了“福莱斯特”级航母的第一艘“福莱斯特”号和“小鹰”级航母“星座”号，但这；两艘超级航空母舰也成为了布鲁克林最后的绝唱。

但到了20世纪60年代，美国财政紧张开始出现，并越发严重。最后在1966年，美国海军关闭了布鲁克林造船厂，并在1967年，以象征性的一美元，出售给纽约市政府。到1971年，纽约市舰布鲁克林造船厂逐步改建为工业园，但保留部分船坞设施级历史建筑改建成博物馆。