巴特肯州成立于1999年10月13日，原为
奥什州的一部分，下辖3个区、4个市、5个镇和3个村。面积1．7万
平方公里，人口40万(2003年1月1日)。
吉尔吉斯斯坦紧急情况部2007年1月9日通报，位于吉南部的巴特肯州8日夜发生里氏6级地震。
据吉通社报道，地震发生在当地时间2007年1月8日23时21分(北京时间9日凌晨1时21分)，震中位于该州首府
巴特肯市西南90公里处。
当地时间2022年6月14日7时和7时50分左右，在吉尔吉斯斯坦巴特肯州和塔吉克斯坦索格特州接壤地区连续发生两起边防军交火事件，双方动用了迫击炮和榴弹发射器等武器。