巩馥洲，1965年1月出生于陕西省汉中市洋县，中国科学院数学与系统科学研究院研究员、博士生导师、副院长。

1965年1月，巩馥洲出生于陕西省汉中市洋县。

1982年，从洋县中学毕业。

1986年，从西北大学毕业，获得学士学位。

1989年，从西北大学毕业，获得理学硕士学位。

1989年—1995年，担任西北大学数学系助教、讲师。

1995年，从中国科学院应用数学研究所毕业，获得理学博士学位。

1995年7月—1997年6月，在北京大学数学系从事博士后研究。

1997年—1999年，担任中国科学院应用数学研究所副研究员。

1999年—2001年，受中国科学院公派并受德国马克普郎克学会及德国比勒费尔德大学（Bielefeld University）资助，在德国比勒费尔德大学数学系从事合作研究。

2000年—2001年，担任中国科学院数学与系统科学研究院创新基地副研究员。

2002年，担任中国科学院数学与系统科学研究院创新基地研究员；同年，获得国家自然科学基金委杰出青年基金资助。

2003年—2012年，担任中国科学院数学与系统科学研究院应用数学研究所所长。

2004年，入选国家人事部“新世纪百千万人才工程国家级人选”。

2007年4月，担任中国科学院数学与系统科学研究院党委委员。

2008年12月，担任中国科学院随机复杂结构与数据科学重点实验室主任。

2012年4月—2017年6月，担任中国科学院数学与系统科学研究院副院长。

2014年，入选首批中组部国家高层次人才特殊支持计划（万人计划）百千万工程领军人才。

巩馥洲关注随机分析与马尔可夫过程的遍历理论及其在量子场论、统计力学、计算生物学、信息科学、经济学以及金融学中的应用。率先证明了环路空间上加权一阶Sobolev空间的Poincare不等式，解决了L. Gross于1993年提出的猜想；证明了环路空间上带位势项的Log—Sobolev不等式；证明了Malliavin分析的结果可以在Ito空间和抽象Wiener空间之间相互转化。建立了狄氏型的泛函不等式与其半群的一致可积性及紧性的等价关系，并利用弱型的泛函不等式估计了本质谱的下界；给出了正算子有谱隙的一组新型充要条件；给出了Polish空间上Feller半群不变测度存在性、唯一性、渐近稳定性的一组Sharp条件；证明了Wiener空间上薛定谔算子与扩散算子的谱隙比较定理。还在金融市场的内部交易、mciRNA等非编码基因识别、约束满足问题典型算法的复杂性分析以及动态MCMC算法与图像去噪算法设计等方面有研究工作。

根据2022年5月中国科学院大学网站显示，巩馥洲先后在中国国内外重要学术期刊上发表论文30余篇。

根据2022年5月中国科学院大学网站显示，巩馥洲先后多次在国际学术会议上做特邀报告，先后在访问过法国 Blaise Pascal 大学（2000）、英国的Warwick大学（2000）及法国的 Bourgogne大学（2001）等。

截至2020年10月，巩馥洲先后参加和负责了国家973计划、国家基金委创新研究群体、国家基金委杰出青年基金及杰出青年基金B类、国家基金委重点项目等多项科研项目。

1993年9月，巩馥洲获得陕西省教育委员会科技进步三等奖（排名3）。

巩馥洲领导下的“随机复杂数据与随机复杂结构的理论方法及其应用”创新群体，瞄准随机复杂数据与随机复杂结构的理论方法及其应用的前沿领域，坚持高标准高质量，不仅在基础理论研究方面取得了一些国际水平的原创性研究成果，而且在应用研究方面也取得了许多面向国家重大战略需求的重要成果。

巩馥洲与人合作证明了与弦论的统计物理密切相关的环路空间上加权一阶Sobolev空间的Poincaré不等式与带位势项的Log—Sobolev不等式，被美国艺术与科学院院士L. Gross称为“激动人心的发展”。（《中国科学报》评）

巩馥洲解决了L. Gross于1993年提出的猜想；证明了环路空间上带位势项的Log-Sobolev不等式；证明了Malliavin分析的结果可以在Ito空间和抽象Wiener空间之间相互转化，这三项研究成果获得了国际上许多资深概率学者的高度评价。（北京科技大学新闻网评）