巩店镇位于
利辛县西部，距利辛县城38公里，南邻王人、东临孙庙、北邻汝集、西部、西北部和
太和县三塔接壤。交通便利，南洛、济广高速东西南北而贯，设有利辛西出口。
民国为阜阳县王老人集区。1928年成立巩店公社。1964年由阜阳划入利辛县。1983年体制改革改称巩店乡，隶属王人区。1992年4月撤区并乡，巩店、刘寨、王店三乡合并为巩店镇，地名沿用。
2018-2022年连续五年全县综合评比位居第一。先后被评为“安徽省脱贫攻坚先进集体”“安徽省第七次全国人口普查先进集体”“第六届亳州市文明村镇”“全国食用菌生产先进镇”“安徽省乡村治理示范乡镇”等荣誉。