明清两代中央政权均设有监察机构即都察院。明代都察院下属有十三
道监察御史，清代都察院下属有十五道监察御史。监察御史在京城都察院者称内差，若奉命外出，或
巡盐，或巡漕，或巡关，称外差。监察御史奉命外出巡视漕运者，即称巡漕御史。
明清时期通常在大运河沿岸派遣巡漕御史，但是否派遣以及派遣人数、派遣地点等也不时有所变动。如据《清史稿》记载，顺治初设巡漕御史一人，顺治十四年停。雍正七年确定差派淮安、通州两地巡漕御史各二人。乾隆二十年改差淮安、济宁、天津、通州等地巡漕御史各一人，十七年增差通州巡漕御史为四人。
根据《明史‧职官志》及《清史稿‧职官志》的有关记载，都察院监察御史本来就负有查纠百司官邪、天子耳目风纪之职责。监察御史如外出，无论巡盐、巡漕、巡关，则“各以其事专监察”。因此，巡漕御史对于涉及漕运的事务，均有巡视、查察、纠劾、章奏等职权。
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明史》卷二百三十二记载：清口水涸阻漕，（李）三才议浚渠建闸，费二十万，请留漕粟济之。督储侍郎赵世卿力争，三才遂引疾求去。帝恶其委避，许之。淮扬巡按御史崔邦亮、巡漕御史李思孝、给事中曹于汴、御史史学迁、袁九皋交章乞留。
《清史稿》卷一百二十二记载：巡漕御史本明官，顺治初省。雍正七年，以粮船过淮陋规甚多，并夹带禁物，遣御史二，赴淮安专司稽察。粮船抵通，亦御史二稽察之。乾隆二年，设巡漕御史四：一驻淮安，巡察江南江口至山东交境；一驻济宁，巡察山东台庄至北直交境；一驻天津，巡察至山东交境；一驻通州，巡察至天津。
《清史稿》卷一百二十二记载：初，运河中铜铅船及木排，往往肆意横行，民船多畏而让之。粮船北上，亦为所阻。至是令巡漕御史转饬沿途文武员弁，将运漕船催趱先行，馀船尾随，循次前进，恃强争先、不遵约束者，罪之。