山西省针灸研究所由山西针灸泰斗、新九针发明者师怀堂教授于1984年始建；1999年与山西中医学院针灸系合并，附属医院更名为“山西中医学院第三中医院”，同年设为“中国针灸临床中心山西分中心”，是山西省内集针灸医疗、教学、科研为一体的机构；2011年通过山西省三级甲等专科医院评审；2012年通过国家中医药管理局三级甲等中医专科医院评审；2013年增名山西省针灸医院；2016年，获批国家中医药管理局山西省中医康复基地建设单位。2017年获批中荷中医药中心；2018年获批现代医院管理试点单位；2019年获批中喀中医中心。
我院占地面积6300平方米，拥有医技人员百余人，其中高级专业技术人员20名，中级专业技术人员40名，有博士2名，硕士10名。设中风科、前列腺、关节病、
静脉曲张、
三叉神经痛、腰椎间盘突出、面瘫、妇科、按摩科、小儿推拿科等重点科室。拥有X光机、新型B超、电脑控制三维立体牵引床、心电图及血流变检测仪、多普勒脑血管检查仪、电切汽化前列腺增生治疗仪等先进设备。在院领导班子的带领下，经过全体医护人员的共同努力，中医专科专病建设取得了重大进展，正发展成为设施齐全、功能完备的综合医疗服务机构。