山西省疾病预防控制中心前身为山西省卫生防疫站，始建于1953年。2001年6月由省编办批准在原山西省卫生防疫站、山西省职业病防治研究所、山西省结核病防治研究所的基础上，通过调整和优化组合组建成立了综合性的疾病预防控制机构。山西省预防医学会及
山西医科大学公共卫生培训基地均设在这里。
经过50多年的沧桑变迁，山西省疾病预防控制中心已由建站初期的条件简陋（31间平房，工作面积不足500m2）、设备陈旧（设备台数不到10件，总值不足万元）、规模较小、人才匮乏（不足50人）等旧貌、建成了具有现代化水平的大型综合疾病预防控制机构。中心拥有19个业务科室、9个职能科室、1个疾控培训中心。全中心在职职工257人，在编在岗222人，卫生专业技术人员173人，研究生以上学历34人，占专业技术人员总和20%，大学本科学历83人，占专业技术人员总和48%，博士1人，高级
专业技术职务69人。
中心占地面积25.25亩。院内座落有行政办公楼、卫生检验楼和疾病检验楼，其中疾病检验楼为国债项目楼，政府投资2000万元，面积7080.7m2，中心工作总面积达22502.75m2，日元贷款项目近1000万元的实验室设备已全部投入使用。
中心拥有
P3级实验室一个，P2级实验室10个、并拥有全自动微生物鉴定仪、病毒载量装置、荧光定量PCR扩增仪、
流式细胞仪、全自动荧光梅标仪、原子吸收、气质联用、液相色谱、气相色谱、全自动生化仪等大型检测设备。特别是P3、P2级实验室的建立以及大量高新技术设备的引进，极大地推动了中心整体防病能力的提高。作为全省疾病预防控制工作的业务技术指导中心，其主要职能是：疾病预防控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测、预警与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与促进、技术管理与应用研究指导。最大限度地控制和消除疾病的各类危险因素，为全省人民的健康与卫生安全提供服务。