山西农业大学果树研究所是全国土地面积最大的果树科研机构，也是山西省的省级果树专业科研机构。

1956年4月，山西省果树试验场由原山西省农业厅筹备。

1957年4月，研究所正式成立。

1958年10月，改建为山西省果树科学研究所，隶属山西省农业建设厅领导。

1959年2月，因山西省科研机构调整归口，更名为山西省农业科学院太谷果树研究所，后名称和隶属关系几经变化。

1975年，正式更名为山西省农业科学院果树研究所，隶属山西省农业科学院

2019年，因山西农业大学与山西省农业科学院合署，隶属于山西农业大学，更名为山西农业大学果树研究所（山西省农业科学院果树研究所）。

据2024年1月研究所官网数据，山西农业大学果树研究所拥有在职职工279人，其中科技人员168人，有高级职称59名、中级职称86名。拥有博士15名、硕士71名；享受国务院特殊津贴专家1名；国家产业体系岗位专家2名，国家产业体系试验站站长4名；山西省学术带头人2名；三晋英才拔尖骨干人才4名，青年优秀人才1名。4个团队被授予“工人先锋号”。

国务院政府特殊津贴获得者：李登科

国家产业体系试验站站长（不全）：赵旗峰

据2024年1月研究所官网数据，山西农业大学果树研究所下设9个研究室，16支科研创新团队，5个科技服务中心。

国家种质资源圃：国家种质资源太谷葡萄圃、国家枣种质资源圃（库）

山西省重点实验室：果树种质创制和利用山西省重点实验室

所属综合试验站和创制：枣太谷综合试验站、枣种质资源鉴定与新种质创制

所属研究室（不全）：果树植保研究室、果树生物技术研究室、果业经济研究室、乡村振兴产业研究中心、重点实验室

科研创新团队：枣种质资源创新与利用团队、葡萄种质资源创新与利用团队、梨种质资源与育种团队、苹果种质资源与育种团队、特色果树繁育技术团队、核桃种质资源与育种团队、苹果砧木种质资源与育种团队、樱桃种质资源与育种团队、桃种质资源与育种团队、果品采后技术团队、果树有机旱作栽培生理团队、榛子种质资源与育种团队、扁桃种质资源与育种团队、果树优质栽培技术团队、杏李种质资源与育种团队、山楂种质资源与育种团队、园林植物资源开发与利用团队

科技服务中心：科技服务产业中心、果树技术鉴定中心、科技服务实训中心、科技服务农旅中心、《果树资源学报》编辑部

据2024年1月研究所官网数据，山西农业大学果树研究所占地面积9092亩，其中建设用地500余亩，科研试验用地7000余亩。拥有办公楼2幢，实验室面积4000m2，仪器设备总价值3000万元。全所收集保存了各类果树种质资源4000余份。其中，枣资源圃保存了1000余份枣种质资源，约占全国枣种质资源90%，葡萄资源圃保存有13个种的650余份。

据2024年1月研究所官网数据，山西农业大学果树研究所先后与美国、英国、日本、荷兰、意大利、澳大利亚和亚美尼亚等十几个国家开展了国际合作，并与意大利罗马果树所、亚美尼亚酿酒葡萄研究中心、罗马尼亚皮泰什蒂果树研究所结为姊妹所关系。先后引进中国国外各类果树新品种160余个，2004年被国家外专局授予“全国引进国外智力示范基地”称号。

2016年12月27日，山西省农业科学院果树研究所与山西大丰种业有限公司在果树研究所签署了战略合作协议。

2021年10月29日，山西农业大学果树研究所与山西大丰种业有限公司签署了长期战略合作协议。

2022年6月16日，山西农业大学果树研究所与山西农业大学资产经营有限公司共同举办了战略合作签约仪式。

2022年11月，山西农业大学果树研究所被认定为山西省新型研发机构。

据2024年1月研究所官网数据，山西农业大学果树研究所自建所60年来，先后审（认）定、鉴定各类科研成果160多项，获奖成果120项，其中国家科技进步奖6项、农业部、教育部科技进步奖10项、省科技进步奖85项。审（认）定、鉴定果树新品种111个，矮化砧木系列6个；示范推广各类果树新品种、新技术200多万亩，创经济效益20多亿元；编著出版了各类学术著作47部；在中国国内外和省级以上专业刊物发表论文2245篇。

《果树资源学报》原《山西果树》，是由中华人民共和国新闻出版总署正式批准、由山西农业大学主管，山西农业大学果树研究所主办的学术性果树科技期刊。于1980年6月创刊，2020年1月更名为《果树资源学报》。 该刊辟有专家论坛、研究论文、研究报告、经验技术、果业专论、引选育种、特异资源等栏目。

山西农业大学果树研究所是中华人民共和国国农业部和山西省农业厅认定的11个现代农业技术培训基地之一，是“全国青少年农业科普示范基地、山西省现代农业技术培训基地、山西省大学生村干部创业培训基地、首批全国新型职业农民培育示范基地主要培训平台。

山西农业大学果树研究所拥有培训中心一处，占地5600m2，自2009年开始承担省、市、县各类培训任务以来，采取课堂讲授与研讨交流相结合，实践教学与基地参观学习相配合等方式，共计培训来自山西省67个市、县的农业从业人员9000余人，其中各县基层农技术推广人员6000余人，大学生村官、新型职业农民、青年农场主3000余人。

山西农业大学果树研究所所徽核心部分包括苹果、葡萄藤，电子运动模型，山西农业大学中文名、时间构成。苹果和葡萄为研究所的优势果品；1958年代表着改建为山西省果树科学研究所的时间；电子运动模型代表着农科院追求科学的治学态度；葡萄藤下为土地。

2023年9月20日，山西农业大学果树研究所举办了2023年“中国农民丰收节”果树种质资源科普开放日活动暨山西农业大学果树研究所新品种新技术展示观摩交流会。