山梨博士是位面恶心善，打从心底喜爱宝可梦的老爷爷。主要研究宝可梦的进化，发现了90%的宝可梦都可以通过进化的方式与其他宝可梦产生联系，并想知道进化究竟是宝可梦走向成熟的形式，还是从“不完全”到“更完全”的过程。
神奥地区的新人训练家岀发时，都要前来和山梨博士拿取最初的宝可梦（可在
草苗龟，
波加曼和
小火焰猴中任选其一）。
神奥地区的冠军
竹兰也是从他的手上获得图鉴后展开旅行的。
山梨博士在
小光在真砂镇迷路时碰到了她并把她带到了自己的研究所，之后送给小光
波加曼；后来，他告诉
小智，他的
皮卡丘和小光在一起，并观看了小智和
真司的对战。
小智回到关东后，山梨博士在小光出现前正在研究壶壶。此时一只
波加曼和一只
小火焰猴逃跑，小光和
新子前去寻找它们。之后他们成功将宝可梦带回来。他在最后与即将前往
丰缘地区旅行的小光道别。