初办时，招生定额为300名。分为备斋(小学)、正斋(中学)、专斋(相当于高校本科)。备斋修业1年，核试合格后，升入正斋；正斋修业1年后升入专斋。广东香山的唐绍仪为第一任管理总办。遵照光绪二十九年(1904年)清廷颁布的“奏定学堂章程”(癸卯学制)，于光绪三十一年初，易名为山东高等学堂，管理总办改称监督。此年，开办高等正科，3年毕业。分3类：一类为经学科、政法科、文学科、商科的预科；一类为格致科、农科、工科的预科；一类为医学的预科。民国元年(1912年)，遵照教育部新章改名为“山东高等学校”，监督改为校长。山东高等学堂
行政管理机构为在监督之下设教务长、庶务长、斋务长、监学、检察等。各长之下设有文案、统计、会计、杂务、管书、中医、西医等员。山东高等学堂正科三类课程设置，除人类伦理、经学大意、中国文学外，增设各种实用学科，外文随山东政事变迁除英语外增设德文、法文、东文为随意科。山东高等学堂正科共毕业7届学生。遵部令于民国三年七月停办。原址继办山东公立法政专门学校。