山东大学医学院免疫学研究所建立于新山大成立之际，原属
山东医科大学微生物学与免疫学教研室。黄翠芬教授（工程院院士）、荆永志教授、李辉教授、吴光照教授及孙汶生教授历任该室主任。
免疫学研究所首任所长为汶生教授，现任所长为张利宁教授。1978年获国家学位办批准设立研究生免疫学与微生物学硕士学位点，1996年设立免疫学硕士学位点，1999年设立免疫学博士学位点，2001年建立
博士后流动站。2004年加入国家985-II期工程重点建设项目，承担心血管免疫平台建设。
免疫学研究所现有工作人员16名，教授8名（其中兼职4人），副教授4人，讲师3人，助理实验师1人。目前博士研究生导师4人、硕士研究生导师6人，60%的教师具有博士学位。免疫所的主要任务包括教学、科研和研究生培养。
承担学校临床医学、口腔医学、预防医学、药学、护理专业本科5年制、6年制英语班和7年制医学免疫学教学；承担全校本科基因工程学（选修）的教学；承担临床医学留学生医学免疫学教学；承担博士、硕士研究生的医学免疫学、
分子免疫学、基因工程学、基因工程学实验技术、医学免疫学实验技术和分子免疫学实验技术等6门课程的教学。目前，留学生巴基斯坦班全部用英语进行教学，6年制英语班和7年制研究生采用双语教学，承担山东大学《医学免疫学》名牌课程建设项目和新形势下的教学改革任务。
免疫学研究所现已具有招收培养博士后、博士、
硕士研究生的能力。1978年成为国家首批免疫学与微生物学硕士学位点，获得培养免疫学研究生的资格；1996年设立免疫学硕士学位点，获得授予免疫学硕士学位的资格；1999年建立山东省第一个也是目前唯一一个免疫学博士学位点，2001年建立博士后流动站。自1978年以来，共培养免疫学硕士研究生112名，博士研究生12，博士后1名。目前在读硕士研究生26名，博士研究生13名，博士后3名。
已形成由具有博士学位中青年学术骨干组成的科研梯队，其中享有国务院政府津贴1名、山东省卫生系统杰出学科带头人（泰山医学家）和中青年重点科技人才1名、霍英东基金获得者1名，国家教育部优秀中青年骨干教师1名，山东大学创新学术团体骨干2名。经过多年的努力，研究所在科研方面已经形成了几个稳定的
结合我国和山东省的实际情况，重点以严重危害我国人民健康的HBV相关肝细胞肝癌（HCC）为主攻方向，采用分子免疫学和分子生物学的方法，在对其致病机制进行研究的基础上，探索了多种基因治疗和免疫治疗方案。对HBV的致病机制的研究目前主要集中于HBV感染后的凋亡与炎症、HBV反式激活蛋白、HBV与端粒酶等方面；在基因治疗方面则主要从事反义封闭研究、抑制
新生血管治疗肿瘤研究及免疫干预治疗研究。该方向已经完成
国家自然基金5项、卫生部课题一项、东省95攻关课题1项，省科委资助课题3项，霍英东基金1项，现有在研国家自然基金4项、省基金1项、省科委攻关项目1项、省中青年科学基金2项、教育部博士点基金1项、留学回国人员基金1项。在国内核心期刊发表论文70余篇，SCI收录8篇，引用36次，最高影响指数为14.3获省科委科技进步二等奖1项，三等奖3项、省教委科技进步一等奖1项。获得专利1项，申请专利1项。在HBV相关肝癌的研究方面在国内同行中有一定影响，其中在反义HBV、反义癌基因联合靶向肝癌细胞的抑癌研究、HBVL对RTRAI诱导调亡的影响等方面在国内处于领先地位。
从1996年以后，根据国内外免疫学的发展动态，寻找到新的生长点，一方面，从免疫学的新理论-淋巴细胞活化的双信号学说出发，在研究协同刺激分子CD28/B7和CD137/CD137L生物学特性、生物学功能的基础上，寻找以CD28和CD137为靶点，诱导免疫耐受治疗自身免疫、防治移植免疫排斥和打破免疫耐受治疗肿瘤的方法和药物。另一方面，从调节性T细胞入手，研究CD4+CD25+调节性T细胞 、CD8调节性T细胞和双阴性T细胞的生物特性，探讨其在自身免疫性疾病、移植免疫和肿瘤治疗中的作用。承担国家自然基金课题2项，国家教育部优秀骨干教师课题1项，山东省自然基金课题2项、山东大学跨学科预研课题1项，发表相关论文20余篇，在同行有一定影响。
将基础研究与开发相结合，在血管内皮抑素基因工程药物、CD28和CD137类肽药物及人源基因工程TAT的研发方面进行了一些探索，承担国家科技部863重大专项1项，与美国合作课题1项，国家自然基金课题1项，发表论文10余篇，申请专利2项。
为了让世界免疫学专家走进山东大学免疫所，让山东大学免疫所的优秀教师走向世界。目前研究所已与
美国宾夕法尼亚大学、
美国哥伦比亚大学、美国国立卫生研究院（NIH）、美国肯塔基大学、北京大学建立了广泛的合作关系，每年有多位专家到我所进行学术访问，参加教学。我所已有9人次派到国外进修学习。