尼古拉斯·哈农库特在奥地利的格拉茨长大，后在维也纳的音乐学院学习大提琴。1952年至1969年期间，在
维也纳交响乐团任大提琴手。1972年，开始担任萨尔兹堡莫扎特音乐学院担任教授直至1993年。
1953年，哈农库特与她的妻子、小提琴家爱丽丝发起成立了专门用仿古乐器、以本真风格演奏早期音乐的室内乐团维也纳音乐协奏团。他指挥乐团常年演出13至18世纪的音乐作品，举行了多次全球性巡回演出，其中包括五次美国巡演，从而在国际音乐界掀起了影响深远的“古乐运动”。
另外，哈农库特还分别指挥维也纳音乐协奏团、欧洲室内乐团、
柏林爱乐乐团、维也纳爱乐乐团和阿姆斯特丹皇家音乐厅管弦乐团录制了从18世纪音乐到19世纪歌剧的大量精彩唱片。这些录音中最为出色的包括莫扎特的交响乐全集、莫扎特全部的宗教音乐、海顿的晚期交响乐、贝多芬的交响乐全集、小提琴协奏曲、《庄严弥撒》和歌剧《费德里奥》、舒伯特的交响乐全集以及舒曼的交响乐全集、钢琴协奏曲和小提琴协奏曲。 他还录制了勃拉姆斯交响乐全集、小提琴协奏曲和小提琴大提琴协奏曲、
小约翰·施特劳斯的轻歌剧《吉普塞男爵》、德沃夏克的第七、第八交响曲和布鲁克纳的第七交响曲等。今年出版的哈农库特指挥的新唱片包括弗朗茨·施米特的清唱剧《七封印》（维也纳爱乐乐团）、德沃夏克的第九交响曲和勃拉姆斯的钢琴协奏曲（阿姆斯特丹皇家音乐厅管弦乐团、钢琴演奏鲁道夫·布彻宾德）、海顿和舒伯特的弥撒、莫扎特的管乐协奏曲和海顿的歌剧《阿尔米达》（维也纳音乐协奏团、演唱巴托莉）。他还推出了与维也纳爱乐乐团合作录制的威尔第《阿依达》选曲和斯美塔那的《我的祖国》。
2001年，哈农库特第一次受邀指挥维也纳新年音乐会，这位以崇尚本真主义为己任的指挥家为人们带来了一场气象一新的维也纳新年音乐会。哈农库特从衣着装饰到音乐处理，几乎每一个细节都体现出其本土化特质。哈农库特赋予了这些舞曲以清新、纯正的听感享受，同时也凸现了自己的指挥风格，在他的指挥下维也纳爱乐乐团显现出一种与众不同的干净音色。在选曲上，他大胆地用《拉德茨基进行曲》的原始版本作为开场，没有观众掌声的附和，体现出这首曲目最为纯朴的一面，也表现出哈农库特对本真的追求。在他的棒下，
施特劳斯家族的圆舞曲和波尔卡作品显得熠熠生辉，欢快而热情。
2003年，哈农再度受邀指挥新年音乐会。我们听到了一些在往年新年音乐会上较少出现，甚至是首次出现的曲目——包括韦伯的《
邀舞》甚至勃拉姆斯最为著名的《
匈牙利舞曲》等非施特劳斯家族的歌曲都出现在了这次音乐会之中，让乐迷大饱耳福。
1983年，他被接纳为
瑞典皇家音乐学院的成员。1985年，他因为对早期音乐的研究与演绎被德国唱片评论界授予金质勋章。