崇祯十五年（1642）春，尹民兴上疏时务十四事，崇祯帝大喜，召为
兵部职方司
主事。尹民兴
召对符合上意，升任
郎中。尹民兴上疏为
张居正、
熊廷弼反正，召回
刘宗周、
金光辰，没有得到
崇祯帝的采纳。
崇祯十六年（1643），
内阁首辅周延儒督师，尹民兴从军赞划。周延儒因延误军机而下狱，尹民兴受其株连下狱。十二月，周延儒自裁，尹民兴被释放。
崇祯十七年（1644），福王
朱由崧在
南京称帝，尹民兴官复原职。不久因病辞官，
流寓泾县。清兵攻下南京，尹民兴与吴汉超、赵初浣等在泾县起义兵抗清，与在
休宁的
金声遥相呼应。
隆武元年（1645）八月十六日，清军
提督张天禄统铁骑百余，据东山发炮，城中屋瓦皆震。泾县城破，遭遇屠城，百姓幸存者仅九十余人，赵初浣等人牺牲，尹民兴得以逃脱。尹民兴逃至
福京（今
福建福州），任
佥都御史，
巡抚绍、严、杭、徽，加
太仆寺少卿，驻守
仙霞关。福京陷落，尹民兴归乡，忧郁而终。