电影主要讲述一个传奇的历史武林故事。唐初，少林寺十三棍僧解救李世民，李世民登基后赐少林寺僧人为僧兵，并准许在全国各地建立分寺。十三棍僧之一智空禅师到福建泉州筹建南少林寺，传授少林功夫。方世玉自幼随苗翠花练习少林功夫，得少林寺五老之一苗显真传，武艺高强。血气方刚、年轻气盛的方世玉好打抱不平，一次气急之下一拳将当地恶霸雷老虎打死。雷老虎的妻子李小环从此怀恨在心，为报杀夫之仇，她一路带人追杀方世玉，但在好心人的保护下，此计未果。方世玉与胡慧真伸张正义，为民除害，共同的志向，使两人擦出了爱情的火花。南少林寺广收门徒，声名大振。但朝廷轻信误报，皇上降诏将南少林寺焚毁，僧人伤亡惨重。跌宕起伏、扣人心弦的故事情节，也由此一一展现在观众眼前……