小麦秆锈病是由禾柄锈菌小麦变种引起的、发生在小麦的病害。主要为害小麦的茎秆和叶鞘，也可为害叶片和穗部。夏孢子堆长椭圆形，隆起高，褐黄色，不规则散生；夏孢子堆成熟后表皮大片开裂，并向外翻起如唇状，散出锈褐色夏孢子粉。后期产生黑色冬孢子堆，表皮破裂散出黑色锈粉状冬孢子。

小麦秆锈病病原为禾柄锈菌小麦变种（学名：Puccinia graminis Pers. var. tritici Eriks et Henn.），属担子菌亚门真菌。菌丝丝状，有分隔，寄生在小麦细胞间隙，产生夏孢子和冬孢子在小麦上。夏孢子单胞，椭圆形，暗橙黄色，大小（17-47）微米×（14-22）微米，表面生有棘状突起，中腰部有发芽孔4个。冬孢子双胞，棍棒形至纺锤形，大小（35-65）微米×（11-22）微米，顶端壁略厚，圆形或稍尖，柄长。该菌可产生5种不同类型的孢子。冬孢子萌发产生小孢子，小孢子为害转主寄主小蘖，且在小蘖叶片正面形成性孢子器及性孢子，在叶背面产生锈子和锈孢子。

该病原致病性有生理分化现象，在中国已发现16个生理小种，其中21C3小种是优势种。

小麦秆锈病主要为害小麦的茎秆和叶鞘，也可为害叶片和穗部。夏孢子堆长椭圆形，在3种小麦锈病中最大，隆起高，褐黄色，不规则散生。秆锈菌孢子堆穿透叶片的能力较强，导致同一侵染点叶正反面均出现孢子堆，而且叶背面的孢子堆一般都比正面的大。夏孢子堆椭圆形至狭长形，3毫米×10毫米，成熟后表皮大片开裂，并向外翻起如唇状，散出锈褐色夏孢子粉。后期产生黑色冬孢子堆，表皮破裂散出黑色锈粉状冬孢子。该病的病原菌是全孢型转主寄生的锈菌。在小麦上产生夏孢子和冬孢子。冬孢子萌发产生担孢子，担孢子侵染转主寄主小檗和十大功劳，在其叶片上产生性孢子器和锈孢子器，其中的锈孢子只侵染小麦，经发育后形成夏孢子堆并产生夏孢子。

图注：1.被害茎、叶、颖和病部放大图；2.转主寄主小蘖上的锈孢子器和其放大图；3.夏孢子堆和夏孢子；4.冬孢子堆和冬孢子；5.小蘖上的性孢子器和锈孢子器。

小麦秆锈病分布广泛，在种植小麦的国家和地区均有发生。在中国，小麦秆锈病可划分为6个流行区：①闽粤东南沿海及云南易发、常发区；②淮南及长江中、下游冬麦易发区；③黄河以南和淮北冬麦偶发区；④东北平原及内蒙古乌盟春麦常发区；⑤内蒙古、新疆高原春麦偶发区；⑥西北、西南冬春麦越夏偶发区。

该病主要以夏孢子完成病害的侵染循环，在转主寄主小蘖叶背形成的锈孢子侵染小麦，又形成夏孢子和冬孢子，因此认为转主寄主作用不大或不起作用。在中国，病原菌主要以夏孢子世代在福建、广东沿海地区、云南南部麦区越冬。翌春，夏孢子由越冬基地逐渐北移，经长江流域、华北平原到达东北、西北和内蒙古春麦区。病原菌越夏区域较宽，在西北、华北、东北及西南冷凉麦区晚熟春小麦及自生麦苗上可以越夏。山东的胶东和江苏的徐淮平原麦区自生麦苗上也可越夏。夏孢子借气流进行远距离传播，从气孔侵入寄主。

小麦秆锈病的流行主要取决环境条件和耕作制度的影响。

气候因素可以影响病原菌的存活、生长发育和繁殖，影响小麦品种的抗锈性，还可以影响该病的侵染过程和大区流行。20世纪30年代，小麦秆锈菌56小种在北美流行，与当时气温高有利该小种发展有很大关系。一般来说，小麦抽穗期的气温可满足秆锈菌夏孢子萌发和侵染的要求，决定病害是否流行的主要因素是湿度条件。对中国东北和内蒙古春麦区来说，如华北地区发病重，夏孢子数量大，而该地5-6月气温偏低，小麦发育迟缓，同时6-7月降雨日数较多，就有可能大流行。

种植制度的改变，如中国福建、两广越冬菌源基地以及云南越冬越夏周年循环区，自20世纪60年代后进行种植制度的调整，极大地压缩了秆锈菌的初始菌源基数，有的地方铲除了秆锈菌菌源。栽培管理措施如播期、密度、水肥管理等对麦田小气候、植株抗病性以及小麦秆锈病的发生有很大的影响。在中国北部麦区播种过晚，则小麦秆锈病发生重；麦田管理不善，追施氮肥过多、过晚，则加重小麦秆锈病发生。