小肠移植，医学术语，是一个高度实验性步骤，仅应用于少部分病人。

这些病人由于腹内疾病(如肠扭转、中毒性小肠结肠炎、外伤)使肠吸收表皮受损。小肠移植应限制在不能耐受慢性肠外营养的病人，因而，为了生存无其他的选择。首次报道了小肠移植后移植物存活1年以上并有完整的小肠功能。需提出的问题是供移植的小肠节段的适宜长度，移植物采用全身血管引流，门静脉引流，在受者胃肠道中移植物连续性的适合程度和有关异体小肠供者生活方式的作用。由于存在着肠相关淋巴样组织，移植物对宿主的疾病(GVHD)是小肠移植的一个问题，明显大于其他有血管器官的异体移植.在移植小肠前去除会引起GVHD的细胞,或许也会减少器官的免疫原性，这是一个有兴趣的实验研究.。

现代临床小肠移植的概念已不仅仅局限于传统意义上的单独小肠移植，而是包括三类：

1. 单独小肠移植；

2. 肝小肠联合移植：适应于肠衰竭合并全肠外营养（TPN）所致的肝功能衰竭；

3. 腹腔多器官联合移植：移植包括胃、胰腺、十二指肠、小肠及肝脏。

1. 各种原因所致小肠广泛切除术后的短肠综合征：包括先天性小肠闭锁、肠扭转所致小肠广泛坏死、坏死性小肠结肠炎、创伤、肠系膜血管或门静脉系统血栓形成或缺血、克罗恩病反复手术所致小肠广泛切除；

2. 消化道动力障碍：包括慢性假性肠梗阻、内脏神经病变、消化道神经节细胞缺如（Hirschsprung’s病）；

3. 先天性肠粘膜病变导致的严重吸收不良病，如微绒毛包涵体病（microvillus inclusion）、绒毛状肠病(tufting enteropathy)；

4. 放射性损伤；

5. 难以控制的分泌性腹泻；

6. 自身免疫性肠炎；

7. 先天性消化道畸形，如腹裂、先天性小肠闭锁；

8. 局限性硬纤维瘤；

9. 多发性息肉病，如Gardner’s综合征；