小流域生态系统，是指小流域范围内的生物群落与无机环境构成的统一整体。小流域生态系统是一个社会-经济-自然复合生态系统，具有生态完整性。当生态系统受各种自然或人为因素干扰，超过本身的适应能力时，必然会在某些方面出现不可逆转的损伤或退化、生产力下降、生物多样性减少、对环境的调节能力下降等。

生态系统是开放系统，为了维系自身的稳定，生态系统需要不断输入能量，否则就有崩溃的危险；许多基础物质在生态系统中不断循环，其中碳循环与全球温室效应密切相关，生态系统是生态学领域的一个主要结构和功能单位，属于生态学研究的最高层次。