1、
RNA聚合酶全酶对启动子的识别，聚合酶与启动子可逆性结合形成封闭复合物（closed complex）。但DNA仍然处于双链状态。
2、伴随着DNA构象的重大变化，封闭复合物转变为开放复合物（open complex），聚合酶全酶所结合的DNA序列中有一小段双链被解开（如图1）。对于强启动子来说，从封闭复合物到开放复合物的转变是不可逆的，是快反应。
3、开放复合物与最初的两个NTP相结合并在这两个核苷酸之间形成磷酸二酯键后转变成包括RNA聚合酶、DNA和新生RNA的三元复合物（ternary complex）。
RNA聚合酶通过σ因子来达到识别基因的目的，在这个过程中很多应激反应基因依赖于σ54因子，它们和启动子DNA结合形成一个稳定的封闭复合物。