一群从月球降临而来的神秘敌人“月人”悄然出现。他们对璀璨夺目的宝石情有独钟，视其为珍贵的装饰品，于是他们毫不留情地将这些宝石逐一掠夺而去，其真实身份至今仍是个谜团。更为令人担忧的是，被月人掠夺的宝石经过巧妙的加工后，竟然变成了威力强大的武器，转过头来对宝石本身进行攻击。在月人的不断改良和升级下，这种武器的力量也日益增强。面对这一系列突如其来的月人袭击，二十八颗宝石能否成功抵挡并最终取得胜利呢?
故事发生在距今遥远的未来，地球上仅剩下28个拥有宝石之身的人形生命体，以及统领着他们的金刚老师。28个宝石各由不同成分的矿物所组成，也因此有不同的特质，除了物理上的身体硬度、韧性外，内在个性也截然不同。在他们身上，没有所谓的性别，也没有所谓的死亡，即使粉身碎骨，也还是有重组而“死而复生”的可能。
而为了抵抗欲将宝石带回月球作为装饰、日复一日前来侵袭的神祕种族“月人”，他们为彼此分配了不同的职责，并两两组成战斗小组，随时备战。但其中硬度低、韧性最为下级的磷叶石，由于太过脆弱，即使一心想要战斗，却未被分配到任何职务，最后被金刚老师分配了“编写博物志”这个任务。不知从何做起的磷叶石，决定从找寻“尚未知晓”的事物开始，此时他被建议询问从不在白天出没、其他宝石也都知之甚少的
辰砂。辰砂拥有强大战斗实力，却因会散发毒液而将自己禁闭於黑夜。在试著接近这个神祕同伴的过程，软弱的磷叶石心中开始产生了变化，故事由此展开……