建长4年1252年,随着前代将军
藤原赖嗣被废送还
京都,十一岁便就任
征夷大将军。身为后嵯峨天皇的长子,因母亲身份低微而没有继承皇位的希望。另一方面
执权北条家
北条时赖避免藤原赖嗣之祖父
摄政关白九条道家为首的政治威胁,废除藤原赖嗣将军之职,结束了经历
藤原赖经、藤原赖嗣两代的
摄家将军,拥立宗尊亲王为征夷大将军,开创
皇族将军的幕府时代。宗尊亲王成为执权
北条氏支配的傀儡,在政治上毫无建树,但在和歌方面却有很大贡献,对镰仓歌坛的表表者。
文永3年(1266年),
北条时宗以宗尊亲王涉嫌谋叛的罪名解除其征夷大将军之职,以其嗣子
惟康亲王继任。回京都后在朝廷内仍举足轻重,为反北条氏的贵族中心,被亲北条氏的贵族向镰仓通报其行动。更在文永9年(1272年)、后嵯峨法皇死后发生的“二月騒动(北条教时之乱)”而被牵连、流放至佐渡出家、法名觉惠。
文永2年(1265年)9月17日、升任为一品、中务卿。