安徽省教育科学研究所始建于1954年，原为安徽省省教育厅教育视察研究室，1958年改为省教材编审室；1981年建立安徽省教育科学研究所，1982年成立安徽省教学研究室，与省教育科学研究所系一个机构两块牌子。1984年在省教科所内设立职业教育研究室，1998年省陶行知教育思想研究室（处级）并入省教科所合署办公，2000年省高教研究室（科级）并入省教科所。
安徽省教育科学研究所（已更名安徽省教育科学研究院）是由
安徽省教育厅直属的事业单位。多年来，省教科所坚持以马列主义、
毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”的重要思想为指导，认真贯彻落实党和国家的方针政策，围绕建立有中国特色的社会主义教育体系这个中心，以服务于基层，服务于决策为宗旨，以应用性的教育研究为主，同时重视教育教学的基础理论研究，着重研究教育改革和发展中的理论和实际问题，为全面贯彻国家教育方针、全面推进素质教育、全面提高教育教学质量服务，为社会主义现代化服务，为教改实践服务，为繁荣教育科学服务。
安徽省建议科学研究院负责教育教学研究、教学教改应用和陶行知教育思想的研究；指导各地教育科学研究和教学改革实验工作；负责指导全省
普通话水平测试工作，培训省级普通话水平测试员并颁发资格证书。
安徽省教育科学研究（院）所下设有与基础教育、职业教育、高等教育相关的十四个研究室，主要研究全省基础教育、职业教育、高等教育、农村教育、民办教育、学生德育、学校体育、卫生、艺术教育和有关学科及其改革与发展中的理论和实际问题，为全省教育改革和发展提供理论指导、科学依据、咨询服务及可操作方案，进行教改实验及科研成果普及与推广工作。同时，承接多项国家级、省级教育科研课题；承办省教育科学规划领导小组办公室、省艺术教育领导小组办公室、省职业中学教材审查委员会办公室、省高中毕业会考办公室的日常工作；承担全省基础教育（含学前教育、特殊教育）、职业教育（含成人教育）的教育科研及其管理、教学研究、教学指导、教学业务管理（ 包括教学评估和教育考试）、课程教材建设等方面的工作，以及高等教育的英语应用能力考试，计算机水平考试的具体实施等。主办《
安徽教育科研》、《行知研究》教育学术刊物以及面向高中生的《青苹果》杂志。
近几年来，安徽省教育科学研究（院）所把全面推进以创新精神和实践能力为核心的素质教育作为工作中心，面向基层、面向农村、面向学校，面向教育教学实际，先后完成十余项国家级、省级教育科研课题和一批国家级课题下属子课题的年度研究工作，如《税费改革后农村义务教育的管理体制与投入保障机制问题研究》、《面向21世纪安徽农村义务教育课程教材改革的实验和研究》、《创新教育研究与实践》、《基础教育物理课程标准的研制》、《农村职业中学教学模式与课程结构改革研究（板块式课程结构与就业本位课程体系的开发研究）》等。从“八五”时期开始，省教科所每五年颁布一次全省教育科研课题指南，旨在通过宏观引导，提高广大教育工作者、教师的教育科研意识，加强教育科研队伍建设，促进全省教育科研事业的繁荣与发展。除了开展科学研究以外，还完成《安徽省教育志》、《安徽省教育大事记》、《安徽省志（教育志）》的编撰出版工作。为贯彻落实教育部有关教材建设“在统一基本要求前提下，实现教材的多样化”的精神，全面启动了新一轮省级以及国家课程标准教材的编写。已先后编写小学思想品德、初中物理、数学、中学劳技、高中、初中、小学信息技术等十多种教材和百余种地方教材及教辅用书。近年来又承担了新课程标准初中物理、数学，高中物理，小学英语、小学品德与生活、品德与社会等教材的编写。
为推进全省骨干教师队伍的建设，完成全省两届“教坛新星”的评选。2001年～2004年举办全省普通高中新课程方案和新课程教材实验的省级培训以及小学、初中义务教育修订大纲及新教材省级培训，共有十四个学科进行了培训，四年中参加省级培训的骨干教师、教研员三万余人，加上各市、县级培训，全省每年接受暑期培训的教师有10余万人。基本上覆盖到所有课改实验区的专任教师。此外，加强了教育评价与考试改革的实践与研究，组织了历年全省高中毕业会考、中考、中等职业学校对口招生考试的命题以及考试评价工作；开展了适应新课程改革的评价体系的建构的研究。随着改革开放的发展，在
安徽省教育厅的领导下，省教科所不断拓展国际教育学术交流，开展多渠道、多形式的学习、进修和交流活动。