2012年3月2日，安徽省专设的治理中国五大淡水湖之一巢湖的管理机构——安徽省巢湖管理局（副厅级）在此间正式揭牌。设立该局旨在实现对巢湖的综合治理，促进巢湖流域的生态保护。
主要职责
一、贯彻落实党中央、国务院，省委、省政府和市委、市政府关于巢湖治理与保护工作的方针政策及重大决策部署；贯彻执行国家、省有关法律法规；拟定巢湖流域保护治理、开发利用管理的相关规定。
二、根据授权或委托，编制流域治理、保护、开发、利用的整体规划；协调指导流域内相关地方政府及省级有关部门制定区域规划和专项规划；参与巢湖治理与保护的对外宣传及新闻发布工作。
三、根据授权或委托，负责直接管理范围有关规划和涉水项目的审查；参与对巢湖及其骨干河流新建、扩建、改建的涉水建设项目进行工程质量与安全监管；负责流域开发项目、建设项目环境影响评价及环湖公路、水路固定资产投资项目的审查、监管；负责直接管理范围的旅游投资项目、旅游开发项目，渔政、林地、湿地及重要基础设施的建设项目的审查、监管。
四、根据授权或委托，负责巢湖重大项目的调研、编制、申报工作；对直接管理范围的水利、环保、农林水产、交通、旅游和引进外资等重大项目，经市政府同意后，报省级相关部门并实行计划单列；组织或参与重大项目建设、监督和管理；参与流域综合治理重大外资项目的引进和监管。
五、研究提出巢湖保护治理的目标任务，报市政府同意，列入地方政府目标考核，并对有关县（市）区政府和市级有关部门巢湖保护治理目标任务的完成情况进行考核。
六、负责直管水利工程管理运行调度；负责巢湖及骨干河流的河道、堤防、岸线、滩涂及重要水利工程的管理、保护与建设项目的审查；开展流域水资源调查评价，负责水功能区的划分并监督管理；拟订流域水资源年度调度计划、水量分配方案、应急调水预案，报经批准后组织实施；按照授权，组织实施取水许可制度；依照调度方案和命令，做好直接管理的水利工程防汛抗旱调度，指导协调流域水文工作。
七、根据授权或委托，负责对巢湖流域生态环境有影响的自然开发利用活动以及重要生态环境建设和生态破坏恢复活动的监督检查；核定巢湖水域纳污能力；提出限制排污总量意见和水污染综合防治意见，并督查落实情况；在授权范围内，负责入湖入河排污口设置许可、排污费的征收、管理和使用；参与巢湖流域重大水污染事故的应急处置和查处的组织协调工作。
八、组织开展水土保持和生态修复工作；提出流域内农业产业结构调整意见，报经批准后组织实施；负责直接管辖范围内的渔港、林地、湿地、农田及重要基础设施的管理和保护。
九、负责巢湖水域及其主要支流水路运政、规费征稽、船舶设施检验，组织或参与水上交通安全监督及事故调查处理；参与巢湖水域岸线及周边规划区环湖公路的建设和管理。
十、负责管辖范围内旅游资源的开发、利用和保护以及旅游项目的管理工作；负责管辖范围内旅游行业、旅游市场的监督管理工作。
十一、根据授权或委托，负责巢湖管理涉及的相关行政执法工作；按照国家和省相关法律、法规，拟订巢湖管理的行政处罚实施细则，报经批准后组织实施。
十二、承办市委、市政府和上级部门交办的其他事项。
合肥市机构编制委员会《关于调整省巢湖管理局机构职责等有关事项的通知》（合编[2015]5号）
同意省巢湖管理局增加“负责水环境一级保护区内水污染防治的监督管理；参与拟订流域重点水污染物排放总量控制指标；根据巢湖流域水污染防治规划和行动计划，组织实施水环境一级保护区水污染防治措施；承担巢湖湖体、主要出入巢湖河流的出入湖口断面的水环境质量及湖体蓝藻的监测；依法查处巢湖水污染相关违法行为”等职责，其他职责事项，仍按省编委《关于印发安徽省巢湖管理局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（皖编[2012] 2号）执行。
现任领导
党委书记、局长：余忠勇
党委委员、副局长：王家和
党委委员、副局长：唐勇
党委委员、副局长：蒋大彬
纪委书记、党委委员：李皖生
机构设置
内设处室
一、办公室（财务处）
承担机关文秘、会务、机要保密、档案管理、安全保卫和综合协调工作；承担机关财务、资产和行政事务管理工作；指导直属单位预算编制和执行工作。
二、组织人事处
承担机关和直属单位机构编制、人事管理和教育培训、队伍建设等工作；承担离退休人员的服务管理工作。
三、规划发展处
承担巢湖治理、保护整体规划的拟定；协调指导流域内相关地方政府及有关部门制定相关区域规划和专项规划。
四、水利处
负责管辖范围的河道、堤防、岸线、滩涂及重要水利工程的管理、保护工作；负责管辖范围内防汛抗旱工作；指导协调流域水文工作。
五、交通处
负责巢湖流域主要控制设施的管理、维护和运行；负责指导和监督巢湖航运安全。
六、环境保护处
负责协调巢湖流域以及跨地区、跨流域影响的重大环境问题；对巢湖生态环境负责监督管理。
七、旅游业管理处
负责管辖范围内旅游资源的开发、利用和保护工作。
八、农林水产处
负责管辖范围内的农、林、渔业安全生产及沿湖林地防火等工作；指导流域内水产养殖、渔业生产以及渔业资源开发、保护和综合利用工作；负责协调渔港监管和渔船检验工作。
九、机关党委
十、监察室
十一、政策法规处
负责开展巢湖综合治理相关政策法规研究、开展相关法制宣传、行政执法、执法监督、行政复议、行政应诉等工作。
十二、综合协调处
十三、督查考核处
局属单位
事业单位17个，分别是：
1、安徽省凤凰颈排灌站管理处
2、巢湖管理局巢湖闸管理处
3、巢湖管理局裕溪闸管理处
4、巢湖管理局铜城闸管理处
5、巢湖管理局新桥闸管理处
6、巢湖管理局水利工程质量与安全监督站
7、巢湖管理局防汛抗旱物资储备中心
8、巢湖管理局水政监察支队
9、巢湖管理局环境监察支队
10、巢湖管理局环境信息中心
11、巢湖管理局环境保护监测站
12、省巢湖管理局湖泊生态环境研究院
13、巢湖管理局河道和工程管理处
14、省巢湖管理局水环境保护管理中心
15、省巢湖管理局渔政管理总站
16、巢湖管理局东大圩进洪闸管理处
17、巢湖风景名胜区管委会
地理环境
巢湖，中国五大
淡水湖之一，流域面积达1.35万平方公里，湖体面积近800平方公里。上世纪80年代以来，巢湖水污染逐步加重，成为中国重点治理的“三河(淮河、海河、辽河)三湖(太湖、巢湖、滇池)”之一。据了解，近年来安徽各方积极加强对巢湖流域的治理，但由于巢湖水域跨合肥、巢湖两市，且治理巢湖牵涉到工业、农业、环保等多个部门，这种“九龙治水”的局面，一定程度是造成治理和保护难度加大，因此巢湖治理不甚理想。
2011年8月安徽省正式对外宣布撤销巢湖市，并对原地级巢湖市所辖的一区四县行政区划进行相应调整，分别划归合肥、芜湖、马鞍山三市管辖。也正是因为这一行政区划的调整，将中国五大淡水湖之一巢湖主要流域集中于合肥市，而此次巢湖管理局的揭牌，有利于实现对巢湖的统一规划、统一治理、统一管护，将有力促进巢湖流域的生态保护和水系管理。
获得荣誉
2021年12月，安徽省巢湖管理局渔政管理总站被农业农村部通报表扬为“中国渔政亮剑2021”系列专项执法行动成绩突出集体。
建设
安徽省巢湖管理局相关负责人当日表示，巢湖管理局将围绕巢湖的规划、环保、旅游多项任务，做好巢湖的综合规划、治理、开发和利用工作。
而据记者了解，合肥市计划用3到4年的时间，完成环巢湖道路桥梁工程、环巢湖生态修复工程、环巢湖生态农业带建设工程、环巢湖入湖口截污工程、环巢湖旅游开发工程等八大综合治理工程。据透露，该“八大工程”共安排78个项目，总投资409亿元人民币，其中2012年计划安排项目52个，投资47.3亿元。