安徽出入境检验检疫局于1999年8月10日挂牌成立，由原安徽进出口商品检验局、合肥动植物检疫局、合肥卫生检疫局合并组建而成。安徽出入境检验检疫局是国家质量监督检验检疫总局设在安徽的正厅级直属机构，负责全省进出口商品检验、进出境动植物检疫、出入境卫生检疫、鉴定、认证和监督管理的行政执法工作。
安徽出入境检验检疫局于1999年8月10日挂牌成立，由原安徽进出口商品检验局、合肥动植物检疫局、合肥卫生检疫局合并组建而成。安徽出入境检验检疫局是
国家质量监督检验检疫总局设在安徽的
正厅级直属机构，负责全省进出口商品检验、进出境动植物检疫、出入境卫生检疫、鉴定、认证和监督管理的行政执法工作。
省局设16个处室，3个直属事业单位和1个社会团体。下辖14个分支局(合肥、芜湖、蚌埠、安庆、铜陵、马鞍山、黄山、阜阳、池州、滁州、宣城、淮北、宿州、六安)和2个办事处(合肥机场办事处、亳州办事处)。截止2015年12月，全系统有干部职工440人，研究生以上学历135人，占30.7%，大学本科学历305人，占69.3%。
目前，安徽检验检疫局共建有5个重点实验室，4个区域中心实验室、16个常规实验室。初步建立起以重点实验室、区域中心实验室和常规实验室相结合，以技术中心、保健中心实验室为技术支撑，分支局实验室为补充的实验室网络。目前实验室仪器设备原值1.8亿元，其中50万元以上大型设备92台（套）。已经具备卫生检疫、食品农产品、中药材、化妆品、玩具、纺织品及原料、化矿产品及金属材料、动植物检疫、医学媒介生物检测等门类齐全、技术领先的检验检疫综合检测能力，基本满足安徽检验检疫工作需要。