宁德出入境检验检疫局于1999年12月25日正式挂牌成立对外办公。辖宁德市九个县（市）区，内设八个科室：办公室、综合业务科、卫生检疫监督科、动植物检验检疫科、检验监管科、机电检验监管科、检务科、福安国检办，三都澳办事处（副处）尚未正式挂牌。现有人员39人，其中行政编制31人，事业编制8人，专业技术人员占92.3%。
中共党员31人，正式党员28人，预备党员3人，科以上干部18人，大专以上学历35人其中硕士3人中级职称12人。积极完成总局省局科研和制标项目8项，其中1项获天津局科技进步奖，3项获省局科技奖，发表科技论文20余篇。现有占地面积21.7亩，建筑面积8000多平方米，固定资产1000多万元。建设有CNAL考核认可和计量认证的电机实验室、通过CNAL注册和计量认证的农食水产品实验室、国家局考核并授牌的艾滋病初筛实验室，以及液相色谱仪，紫外分光光度计、原子吸收光度计、罐检仪、IBM企业级服务器等先进仪器设备。