1994年8月，全区各地、市、县实行
分税制财政管理体制，自治区税务局分设国家税务局和地方税务局，宁夏回族自治区国家税务局成立。宁夏回族自治区国家税务局主要负责辖区内增值税、消费税、中央企业所得税、地方和外资银行及非银行金融企业所得税、证券交易税（暂未开征）、境内外商投资企业和外国企业的各项税收以及外籍人员（华侨、港澳台同胞）缴纳的个人所得税（按税种分别入中央库和地方库）、出口产品退税的管理、集贸市场和个体户的各项税收（按税种分别入中央库和地方库）、中央税的滞补罚收入、按中央税、共享税附征的教育费附加（入地方库）、国家能源交通重点建设基金、国家预算调节基金共11项税的征收管理。固原、海原、西吉、隆德、彭阳、泾源、同心、盐池、惠农、陶乐等10县未设置地方税务局，地方各税由当地国家税务机构代征。自治区国家税务局机关内设10个行政机构、3个党群机构、5个事业单位。
发展历史
2000年10月，自治区国家税务局的职能进行了调整，内设机构进行了增、减、并，将行政处（室）由10个减为8个，设3个直属单位，3个事业单位。全区实有在职干部职工2922人。
2005年10月，经国家税务总局批准，宁夏国家税务局对机构设置进行了进一步规范。自治区国家税务局内设15个行政处室，1个直属机构，5个事业单位，下设31个全职能局。
主要职责
（一）贯彻执行国家的税收法律、法规和规章，结合宁夏实际，研究制定具体的实施办法。
（二）根据本区经济发展规划，研究制定全区国税系统税收发展规划和年度工作计划并组织实施。
（三）根据经济税源和国家税务总局下达的税收计划，编制、分配和下达全区国税系统税收收入计划并组织实施。
（四）负责本区中央税、中央地方共享税等税种的征收管理和稽查工作；负责增值税专用发票、普通发票和其他税收票证的管理工作。
（五）负责本区未分设地方税务机构的地县地方税种的征收管理和稽查工作。
（六）负责全区国税系统税收执法情况的监督检查工作和税务行政处罚听证、行政复议、行政诉讼工作。
（七）负责本区进出口税收和涉外税收的管理工作。
（八）负责全区国税系统的税收会计、统计工作。
（九）负责全区国税系统的经费财务、基本建设和资产管理工作；负责审计和政府采购工作。
（十）负责全区国税系统机构、编制和人事管理工作。
（十一）负责全区国税系统的思想政治工作、精神文明建设、基层建设及公务员教育培训管理工作。
（十二）负责全区国税系统的纪检、监察工作。
（十三）负责全区国税系统税收管理信息化、现代化工作的规划和实施，建设和管理信息系统。
（十四）结合本区税收工作实际，研究税收理论和税收政策，分析税收信息，掌握税收动态。组织税法宣传工作。
（十五）完成国家税务总局和自治区党委、人民政府交办的其他工作。
现任领导
马建民（党委书记、局长）
李戈（党委委员、副局长、一级巡视员）
金平（党委委员、副局长、一级巡视员）
王豫青（党委委员、副局长）
韩振平（党委委员、副局长）
车毅明（党委委员、纪检组组长）
张晔（党委委员、总会计师）
于琬河（党委委员、总审计师）
韩桂锦（党委委员、总会计师）
机构职能
国家税务总局宁夏回族自治区税务局的主要职责是：
（一）负责贯彻执行党的路线、方针、政策，加强党的全面领导，履行全面从严治党责任，负责党的建设和思想政治建设工作。
（二）负责贯彻执行税收、社会保险费和有关非税收入法律、法规、规章和规范性文件，研究制定具体实施办法。组织落实国家规定的税收优惠政策。
（三）负责研究拟定本系统税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划，参与拟定税收、社会保险费和有关非税收入预算目标并依法组织实施。负责本系统税收、社会保险费和有关非税收入的会统核算工作。组织开展收入分析预测。
（四）负责开展税收经济分析和税收政策效应分析，为国家税务总局和自治区党委、政府提供决策参考。
（五）负责所辖区域内各项税收、社会保险费和有关非税收入征收管理。组织实施税（费）源监控和风险管理，加强大企业和自然人税收管理。
（六）负责组织实施本系统税收、社会保险费和有关非税收入服务体系建设。组织开展纳税服务、税收宣传工作，保护纳税人、缴费人合法权益。承担涉及税收、社会保险费和有关非税收入的行政处罚听证、行政复议和行政诉讼事项。
（七）负责所辖区域内国际税收和进出口税收管理工作，组织反避税调查和出口退税事项办理。
（八）负责组织实施所辖区域内税务稽查和社会保险费、有关非税收入检查工作。
（九）负责增值税专用发票、普通发票和其他各类发票管理。负责税收、社会保险费和有关非税收入票证管理。
（十）负责组织实施本系统各项税收、社会保险费和有关非税收入征管信息化建设和数据治理工作。
（十一）负责本系统内部控制机制建设工作，开展对本系统贯彻执行党中央、国务院重大决策及上级工作部署情况的督查督办，组织实施税收执法督察。
（十二）负责本系统基层建设和干部队伍建设工作，加强领导班子和后备干部队伍建设，承担税务人才培养和干部教育培训工作。负责本系统绩效管理和干部考核工作。
（十三）负责本系统机构、编制、经费和资产管理工作。
（十四）完成国家税务总局和自治区党委、政府交办的其他工作。
注：相关社保费和有关非税收入征管职责划转准备工作还在进行中。
机构设置
宁夏回族自治区国家税务局是宁夏回族自治区主管国家税收工作的职能部门，为正厅级全职能局。
行政处（室）
宁夏回族自治区国家税务局内设12个行政处室，级别为正处级；另设机关党委办公室、离退休干部管理办公室。
1、办公室
制定局机关和系统的年度工作计划及长远发展规划，处理局机关日常政务，起草和审核有关文件和报告；负责会议组织、秘书事务、文电处理、文书档案、文印、信访、保密、调研、政务信息和外事工作；制定办公规章制度；管理机关财务；指导办公自动化工作；办理人大代表建议和政协委员提案；协助局领导对有关工作进行综合协调。
2、政策法规处
进行有关政策法规的调查研究和宣传培训；研究税制改革和完善税收管理体制的有关问题；拟定税收综合业务的规章制度；负责税收业务的协调和法律事务；对税收法律、法规的执行情况进行监督检查；承担税收法规文件的清理、鉴定及汇编工作；承办重大税收案件的审理和行政处罚、听证工作；办理税务行政诉讼和行政复议等事项；负责规范性文件的会签把关；牵头配合审计、财政等部门的外部监督工作。
3、流转税管理处
负责增值税、消费税、营业税、车辆购置税等税种的征收管理和税政业务；贯彻执行流转税法规、规章并对执行情况进行监督检查；拟定有关流转税征收管理的具体实施办法；管理增值税专用发票；负责推广和管理增值税防伪税控；负责增值税、消费税、营业税、车辆购置税等税稽核、检查和纳税评估工作。
4、所得税管理处
负责企业所得税和储蓄存款利息个人所得税等税种的征收管理和税政业务；对分管税种的具体问题进行解释和处理；负责拟定所得税征收管理的具体实施办法；负责企业所得税的日常检查和纳税评估工作；负责城市商业银行、城乡信用社的财务制度管理工作。
5、征收管理处
组织实施综合性税收征管法律、法规和规章制度，研究制定有关税收征管制度和办法；指导税务登记、征管质量考核、纳税申报和税收资料的管理；管理普通发票；指导个体工商户和集贸市场税收征管；负责组织征管软件和除增值税防伪税控以外的税控器具的开发、推广和应用工作；负责税款缓缴、呆帐税金、死欠税金的核销管理工作；牵头负责纳税评估综合性制度、办法的制定和组织实施工作；负责纳税服务、税源管理、日常性检查及其综合制度、办法的制定；负责纳税信用等级评定等工作。
6、财务管理处
负责本系统经费、财务、基本建设、装备和资产的管理工作；制定各项管理制度；组织内部审计和政府采购工作。
7、计划统计处
编制、分配税收计划，组织并检查税款入库工作；制定税收计划和会计、统计工作制度；对税收数据进行核算和分析；负责税源资料的调查和测算，监控管理重点税源；进行税收能力估算和税收宏观分析；负责税收票证的印制和管理。
8、进出口税收管理处
负责进出口税收政策及管理办法的贯彻落实、日常监督检查工作；负责出口货物退免税计划管理工作；负责出口货物退免税信息化管理系统的推广应用和维护工作；配合有关部门组织实施反骗税检查。
9、国际税务管理处
负责国际税收协定执行、反避税、涉外税务审计、情报交换、我国及外国居民跨国收益税收监管等国际税务事项管理；负责涉外企业所得税税收政策管理并对执行情况和日常管理情况进行监督检查。
10、人事处
研究和执行人事管理制度；负责机构、编制、任免、调配、劳动工资、专业技术职务等人事管理工作；负责下一级领导班子和领导干部的监督检查工作，按照管理权限负责领导干部的离任审计及出国政审工作。
离退休干部管理办公室(副处级，挂靠人事处)。负责机关离退休干部的管理和服务工作，指导本系统离退休干部的管理和服务工作。
11、教育处
负责思想政治工作、精神文明建设和基层建设；负责教育培训管理工作；负责税收宣传工作；负责本系统的工会、青年、妇女工作；负责税务培训机构和教育经费的管理工作。
12、监察室
负责本系统各级国税机关及工作人员贯彻执行党和国家的路线方针及税收法律、法规情况的监督检查；负责本系统党的纪律检查、行政监察和廉政建设工作；负责执法监察和纠风工作；负责本级管理的干部信访举报、违法违纪案件和系统内重大案件查处工作。
机关党委办公室。负责局机关和直属单位的党务、工会、青年、妇女工作；负责局机关的思想政治工作、精神文明建设和计划生育。
直属机构
宁夏回族自治区国家税务局设1个直属机构，级别为正处级。
稽查局
负责组织、指导、协调和监督本系统的税收检查工作；负责对年度计划确定的重点税源企业和税务违法案件的查处、审理、执行工作；组织贯彻税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责税收案件举报的受理、转办；对下级税收检查情况进行复查复审；负责与公安、检察、审判机关协调税务稽查中的司法工作；负责金税工程发票协查工作；负责牵头组织税收专项检查工作。
事业单位
宁夏回族自治区国家税务局设5个事业单位，级别为正处级。
1、信息中心
组织信息系统建设，执行信息系统管理制度和技术标准，建立、管理和维护计算机网络与综合数据库；参与组织应用软件开发和税控器具的推广、应用及技术培训工作；负责计算机设备的维修、维护和调配管理。
2、机关服务中心
拟定后勤服务和行政事务的规章制度及管理办法并组织实施；负责局机关后勤服务的组织管理工作；负责局机关综合治理工作；负责局机关办公物品的采购、保管、分配和维修工作；负责局机关的安全保卫、房产管理、绿化和职工医疗保健等工作；负责局机关装备管理。
3、培训中心
负责系统国税干部的职务培训、岗前培训、业务培训等工作。
4、税收科学研究所
组织、指导、协调全系统的税收科研工作；完成上级下达的调研课题任务；组织全系统税收科研成果的鉴定和推广；跟踪经济和税收形势发展变化，及时为领导决策提供科学依据；组织有关税收调研成果的评选和奖励；编辑出版有关税收理论刊物；承担税务学会秘书处的日常工作。
5、注册税务师管理中心
贯彻国家有关法律、法规和规章，制定具体实施办法；负责组织注册税务师资格考试、注册登记、年检等工作；负责税务师事务所机构的审核、报批并其对执业情况进行监督、管理、检查；负责注册税务师的后续教育和税务师事务所从业人员的业务培训工作；负责注册税务师协会的日常管理工作。
县市区机构设置
获得荣誉
2011年12月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第三批全国文明单位”荣誉称号。