清代驻防宁古塔地区的军政长官。为防御俄国入侵，顺治九年（1652）始设梅勒章京。十年，宁古塔建制升格为昂邦章京后，仍设梅勒章京，作为昂邦章京的助手。康熙元年（1662），宁古塔昂邦章京改称为镇守宁古塔等处地方将军，梅勒章京亦改称为副都统。五年，随宁古塔将军由旧城（今黑龙江省海林市旧街乡）移驻新城（今黑龙江省宁安市）。十五年，宁古塔将军移驻吉林城，留副都统一员镇守宁古塔，并正式设置宁古塔副都统衙门。自康熙十三年（1674）至光绪十三年（1887），陆续编成八旗，分左右两翼，计有满洲八旗协领以下旗官107员，前锋甲兵匠役1281名，笔帖式等文职官员12员，计1400员名。其辖境，初设时地域广阔，东到日本海，西至张广才岭，南到图们江，北至外兴安岭。康熙二十二年（1683）添设黑龙江将军后，宁古塔辖区面积锐减。雍正十年（1732），增设三姓副都统后，其辖区面积更加缩小。咸丰十年（1860） 《中俄北京条约》签订后，其辖区面积再次减缩。宣统元年（1909），宁古塔副都统裁撤。

1662年（清康熙元年），宁古塔昂邦章京改称“镇守宁古塔等处地方将军”。

1666年（清康熙五年），因旧城常遭水患和为抗击沙俄用兵需要，将军巴海和副都统海塔、满邳率官兵在觉罗城西南5里处（今宁安市宁安镇）修筑新城。新城竣工，宁古塔将军衙门及副都统从旧城移至宁古塔新城。

1676年（清康熙十五年），宁古塔将军衙门移驻吉林乌拉城，留协领萨布素镇守宁古塔城。

1678年（清康熙十七年），萨布素升任宁古塔副都统，宁古塔正式设置副都统衙门。

1727年1月（清雍正四年十二月），于宁古塔设置泰宁县，隶奉天府，专理汉人民事，与专理满人旗务的副都统同城治事。

1729年5月（清雍正七年四月），撤销泰宁县。

1903年（清光绪二十九年）初，于宁古塔副都统辖区内三岔口（今东宁县三岔口镇）正式设置绥芬厅。

1908年（清光绪三十四年），于辖区内再添设密山府。

1909年（清宣统元年），将绥芬厅升改绥芬府，移驻宁古塔城，同时于三岔口原绥芬厅址设置东宁厅，并添设穆棱县（今穆棱市）和呢吗厅（今虎林市）。

同年6月2日（农历四月十五日），裁撤宁古塔副都统。

宁古塔副都统辖区范围，最初东到日本海，西至张广才岭，北抵外兴安岭，南达图们江。以后随着黑龙江将军的设置和三姓、珲春副都统的设置，以及沙俄的侵占，宁古塔副都统辖区逐渐缩小，1881年（清光绪七年）以后，管辖范围仅为今牡丹江市和鸡西市所属地区。