学术自治是西方中世纪的学术管理思潮。认为学术工作及与学术有关问题的处理，应不受政府、教会及其他外界力量的干预，由高等学校（学术机构）或专家学者独立决定和进行。源于西欧中世纪大学。当时，教师和学生组成自己的团体（行会），为维护教学和生活上的自身权益，与所在地的行政当局、教会以至市民抗争，获得一定的特权和豁免权，大学不同程度地成为有相当自治权的团体。随着国家和社会力量对大学的作用与影响日益增大及教会对大学控制的一度加强，许多大学成为国（省、州）立或隶属于教会，大学自治被逐渐限制在学术工作范围内。

其集中表现的层次各国有所不同，在德、法等欧洲大陆国家，常表现为教授等高级专家个人的学术自治，英、美等国则更多表现为高等学校整个组织的自治。主张学术自治者认为，大学是传授和研究高深学问的地方，只有学者才能深刻理解这些学问的内容和复杂性， 并判定应如何组织教学和研究工作，故学术问题应由专家单独解决，他们应是一个自治团体。随着时代的发展，大学与外部社会的相互依存和相互制约作用日益加强，大学需要国家、社会的各种资源供给和与外部系统的各种交流，否则就无法生存。大学必须适应国家、社会的需要并为之服务，无法避免外部系统的作用与影响。一般认为，不可能存在不受价值观影响的学术追求，亦无绝对的学术自治。